Церковь Иоанна Богослова в селе Красном Подольского района Подмосковья относится к типичным русским усадебным храмам. Первые сведения о Красном содержатся в актах XVI века. Тогда владельцами селения были мелкие вотчинники Паховы, при которых оно и получило название Пахово взамен прежнего — Старое Зубцово. Акты свидетельствуют, что в 1568 году Пелагея Ивановна, вдова Пахова, отдала деревню «Пахово, Старое Зубцово тож» московскому Симонову монастырю, от которого эти земли отошли в опричнину Ивана Грозного уже под названием «Государево именьице — сельцо Красное на реке Пахре», как оно значилось в описях дворцового имущества.

С переходом в царскую вотчину Красное оказалось в орбите большой политики. Оно было пожаловано присягнувшему в 1577 году на верность русскому царю Хорошай-мурзе, получившему в крещении имя Бориса Камбулатовича Черкасского. Это был и аванс за службу, и родственный подарок — княжна Кученей, наречённая Марией, вторая жена Ивана Грозного, приходилась Борису Черкасскому двоюродной сестрой.