Особое место в творчестве живописца занимают образы православных святынь — «Утро Серафимо-Дивеевской лавры», «Вдали от мира сего», «Ой ты, Русь, моя родина кроткая…». Религиозно-философским размышлениям художника подобны его пейзажи, включающие отчасти реальные, отчасти мистические детали: «Кто яко Бог», «Молитвенники земли Русской», «Небо Святой Руси», «Высокогорский».
В работах Афонина можно выделить несколько основных циклов, посвящённых Волге, Русскому Северу, средней полосе России и Сибири. Но более всего притягивал художника Валаам. Скалистые берега, покрытые хвойными лесами, Спасо-Преображенский монастырь, скиты — в них словно оживают древние предания, продолжая связь времён. «Этот девственный лес, эти камни и трава, этот бурелом — всё завораживает божественной гармонией. В такие минуты я самый счастливый человек!» — говорит Александр Афонин. Художник воспевает небо Валаама и утро, которое он здесь встречает, валаамский простор, дали и окрестности. Рождаются полотна «Гора Елион. Остров Валаам», «Остров Дивный» и самое главное — «Валаамский монастырь».
На картинах Афонина святые обители неотделимы от лика северных земель. «Псково-Печерский монастырь» — напоминание о многих испытаниях, которые обители пришлось пережить. Полотно «Женский Горицкий монастырь» передаёт спокойное величие святой земли, безоглядную даль, открывающуюся с холма, цветовое богатство зелени, пронизанной теплым золотистым светом ранней осени. При найденных тональных и цветовых контрастах достигнуто цельное звучание пространства неба и земли — воплощение единства Божьего мира, исполнения заветов Божьих на земле.
Первая персональная выставка художника состоялась в Москве в 1995 году. Среди представленных там произведений автор особенно выделял полотно «Голгофа Русского Севера», каждая деталь которого говорила о недопустимости забвения наших святынь.
Важной чертой творчества Александра Афонина является символичная трактовка величественных, монументальных образов в сочетании с реалистичными пейзажами. Им созданы картины, вневременные в своём звучании и вместе с тем современные нам. С их помощью художник достигает главной цели своего творчества — отображения лика Великой России, древней православной земли, явленный в том числе в её святых обителях.
Идеи и образность его картин подтверждают слова самого автора: «Я верю в своё Отечество, в наш народ, в его стремление к созиданию, укреплению православной веры, сохранению лучших культурных традиций».
