Русская Палестина мыслилась как архитектурно-ландшафтный образ Святой Земли. В ней предполагалось воссоздать все основные палестинские святыни, в которых запечатлелась земная жизнь Иисуса Христа. Патриарх Никон стремился к максимальной точности в воспроизведении святых мест. Документальными источниками для него послужили широко известные в Европе гравюры итальянского художника Бернардино Амико с изображениями храма Гроба Господня, Вифлеемской базилики, Елеонской часовни и других палестинских храмов. Кроме того, в распоряжении Никона была книга иеромонаха Троице-Сергиева монастыря Арсения (Суханова) «Проскинитарий» («Поклонник святых мест»), в которой тот детально описал палестинские святыни.
Для реализации своего замысла Патриарх Никон выбрал местность к северо-западу от Москвы, по берегам реки Истры. Реку, делающую в этом месте излучину, окружали холмы. Это позволяло максимально приблизиться к палестинскому первообразу. Топографические объекты получили новые названия: Истра в своём среднем течении стала именоваться Иорданом, протекающий рядом ручей — Кедроном, холм в их излучине — Сионом, холм к востоку от него — Елеоном, к северу, за рекой, — Фавором. На холме Елеон был установлен поклонный крест, символически обозначающий место Вознесения Христа.
Строились храмы, посвящённые великим (двунадесятым) праздникам: село Дарна на холме Ермон стало Воздвиженским, Никулино — Преображенским, деревня Котельники — Вознесенским. На берегу реки был построен каменный скит Патриарха Никона («пустынька на острову») с церковью Богоявления (Крещения). Некоторые селения получили исторические палестинские названия: село Чернево, расположенное по дороге из Москвы, на территории современного Красногорска, получило название Назарет, в селе Сафатове-Воскресенском предполагалось построить женский монастырь Вифания с церковью Входа Христа в Иерусалим. Пустошь Зиновьева «на ручье» была переименована в Капернаум. Имелся в Русской Палестине и свой Вифлеем, но его местоположение точно установить не удалось. В систему святых мест вошли и старые селения, названия которых не пришлось менять: село Троицкое на Истре, а также древнейшее поселение этих мест Ильинский погост, который находился к югу от предполагаемого Нового Иерусалима — в Палестине монастырь Пророка Илии также расположен к югу от города.
Главным делом Патриарха Никона было строительство монастыря, символизирующего святой град Иерусалим. Для этого был выбран холм в излучине реки, получивший название Сион. В 1657 году появились первые деревянные здания Нового Иерусалима: церковь Воскресения Христова, жилые и хозяйственные постройки, ограда. Осенью того же года эти места посетил царь Алексей Михайлович, одобривший строительство. В память об этом на оборотной стороне поклонного креста была высечена надпись. Однако в 1658 году между царём и Патриархом произошёл конфликт. Оскорблённый Патриарх покинул Москву и удалился в Новый Иерусалим. Здесь он провёл более восьми лет, на месте руководя строительством. Поначалу все основные постройки Нового Иерусалима были деревянными. Самое ранее каменное сооружение — скит Патриарха Никона — было построено в 1657–1662 годах на искусственном островке, образованном специально вырытой протокой. Сравнительно небольшая постройка органично объединяла в себе церковные, жилые и хозяйственные помещения. В скиту были устроены две церкви. Одна из них — церковь Богоявления — расположилась на третьем этаже здания. Другая — маленькая, восьмигранная церковь в честь апостолов Петра и Павла с миниатюрной колоколенкой и крошечной кельей, в которой могло поместиться лишь каменное сиденье, была поставлена на плоской кровле скита. В 1658 году началось строительство каменного собора в честь Воскресения Христова. Никону не суждено было увидеть его завершённым. При Патриархе здание храма было доведено до кровли и построена семиярусная колокольня.
Восьмилетнее пребывание Патриарха Никона в монастыре закончилось в 1666 году низложением Никона с патриаршего престола Собором Вселенских Патриархов. Особым пунктом обвинения было строительство Нового Иерусалима. Собор счёл идею Русской Палестины, противоречащей церковным канонам. Никон пытался защитить своё любимое детище. Он доказывал, что Русская Палестина — это не механическая копия, а икона Святой Земли, созданная в соответствии с определением Седьмого Вселенского Собора об иконах. Доводы опального Патриарха не были приняты, и Собор в 1666 году запретил именовать Воскресенский монастырь Новым Иерусалимом.
Строительство монастыря замерло. Только после смерти царя Алексея Михайловича опала с Никона была снята. Новый царь Фёдор Алексеевич, вступивший на престол в 1676 году, добился отмены соборного решения о низложении Патриарха и разрешил ему вернуться в Воскресенский монастырь. Никон не доехал до своей обители. Он умер по дороге, недалеко от Ярославля. Его тело привезли в Новый Иерусалим и похоронили, согласно завещанию, в приделе Усекновения главы святого Иоанна Предтечи, расположенном под Голгофой. Такой выбор был неслучаен: именно под горой Голгофой, согласно преданию, была погребена голова Адама. В храме Гроба Господня в этом месте находились захоронения первосвященника Мельхиседека и иерусалимских королей. Никон, следуя палестинскому прообразу, завещал похоронить себя в соответствующем приделе Воскресенского собора.
Была снята опала и с самой обители. Молодой царь Фёдор Алексеевич внял настойчивым просьбам своей тётки Татьяны Михайловны, покровительницы покойного Патриарха, — довершить дело, начатое Никоном. В 1678 году царь посетил обитель. В следующем году возобновилось строительство собора. Под руководством архимандрита Никанора и строителя старца Сергия (Турчанинова) грандиозное здание было завершено. Восемнадцатого января 1685 года в присутствии царя Ивана Алексеевича, правительницы Софьи и других членов царской семьи состоялось освящение главного престола. В 1690 году были освящены подземная церковь и южные приделы. Таким образом, замысел Воскресенского собора, воспринятый монастырскими властями от Патриарха Никона, был наконец осуществлён.
Воскресенский собор Ново-Иерусалимского монастыря стал самым большим по размеру храмом тогдашней России. Южный фасад собора протяжённостью 106 метров в наибольшей степени выявляет черты его сходства с палестинским прообразом — храмом Гроба Господня. Он состоит из трёх основных частей: подземная церковь во имя святых равноапостольных Константина и Елены, центральная часть с главным престолом Воскресения Христова и ротонда Гроба Господня, перекрытая шатром. Как и в палестинском храме, к Воскресенскому собору примыкает колокольня, а в собор с юга ведут двое «великих врат».
Подземная церковь Константина и Елены повторяет церковь-крипту храма Гроба Господня с приделом Обретения Креста. Она не имеет аналогов в древнерусском зодчестве. Углублённая в землю церковь была завалена грунтом и возвышалась над поверхностью на полтора метра. Как показало время, такая постройка в условиях среднерусского климата и влажного грунта не имела перспективы. В XVIII веке церковь была радикально перестроена. Центральная часть собора с главным престолом Воскресения имеет форму открытого креста. С севера и юга к ней примыкают трёхъярусные галереи с комплексами придельных церквей, с востока идёт полукруглый заалтарный обход с тремя приделами, увенчанными малыми главками. Сюда выходит и лестница из подземной церкви, 33 ступени которой символизируют годы земной жизни Христа. Западную часть храма составляет большое круглое сооружение — ротонда, аналогичная палестинской. В храме Гроба Господня в её центре находится главная святыня — Кувуклия — пещера, куда было положено тело Христа и у входа в которую ангел возвестил жёнам-мироносицам о воскресении.
Посвящение собора Воскресению Христову — величайшему празднику восточно-христианской церкви, открывшему человеку путь к жизни вечной, — привнесло в композицию и декор храма специфические черты. Никон вкладывал в храм Воскресения особый смысл: он хотел создать образ того Нового Иерусалима, который по Откровению Иоанна Богослова сойдёт «от Бога с неба» — райского, небесного города. Именно таким храмом-градом представлялся собор всякому, кто входил в монастырь с главного входа. Перед ним открывался восточный фасад Воскресенского собора. Одна над другой возвышались его главные части. На переднем плане — подземная церковь, над ней — три небольших главки заалтарных приделов, чуть выше — фланкирующие центральную часть галереи, завершённые главами на восьмигранных барабанах. Над всем этим — центральная часть, увенчанная большим шлемовидным куполом на круглом барабане диаметром 13,2 метра. Вдали можно было увидеть часть шатра, перекрывающего ротонду Гроба Господня. Колокольня, разрушенная во время Великой Отечественной войны, вносила в восточный фасад элемент асимметрии.
Отличительной особенностью храмов Нового Иерусалима было использование многоцветной архитектурной керамики. Собор по всем его трём ярусам опоясывали керамические фризы. Окна имели керамические наличники, керамические порталы оформляли входы в основные приделы, в которых были сооружены изразцовые иконостасы.
Уникальным церковно-просветительским актом строителей Нового Иерусалима было составление «каменного путеводителя» по Воскресенскому собору. В первой половине 1680-х годов в стены и столпы храма было вмуровано 48 белокаменных плит с высеченными на них текстами. В текстах давалась информация о топографии храма Гроба Господня, иногда — в сравнении с Воскресенским собором. Этот путеводитель в части, касающейся палестинского храма, имел основным источником «Проскинитарий» Арсения Суханова. Он знакомил паломников с расположением престолов палестинского храма, давал сведения о конфессиональной принадлежности его частей, сообщал о хранившихся там святынях и реликвиях. Тогда же архимандритом Никанором была сочинена стихотворная «Летопись», рассказывающая о строительстве Воскресенского собора, тоже высеченная в камне.
К поздним постройкам XVII века принадлежит Елеонская часовня над уже упомянутым поклонным крестом. Восьмигранная в плане, как и её палестинский прототип, она имела шатровое завершение. В 1690-х годах была построена каменная монастырская ограда с восемью башнями и надвратной церковью в честь входа Господа в Иерусалим. Руководил работами видный зодчий конца XVII века Яков Григорьевич Бухвостов, работавший в стиле московского барокко.
В середине XVIII века Воскресенский собор сильно изменил свой облик. Был возведён новый, деревянный шатёр над ротондой взамен рухнувшего в 1723 году каменного. Весь храм был оформлен в стиле елизаветинского барокко.
В течение всей своей истории Воскресенский монастырь пополнял своё собрание копий палестинских святынь. Ещё в XVII веке напротив входных Красных ворот собора был положен Камень Миропомазания, именуемый также Камнем Повития. Прямоугольная плита длиной 180 и шириной 107 сантиметров символически обозначала место, куда тело Христа было положено его учениками Иосифом Аримафейским и Никодимом, где оно было смазано миром и обвито плащаницей. В Кувуклии находилось подобие камня, отваленного от пещеры Гроба Господня. Впервые он появился здесь ещё во времена Патриарха Никона и воспроизводил видимую часть вросшего в землю палестинского камня, описанного Арсением Сухановым. В 1870-х годах был сделан новый камень из белого мрамора, который не соответствовал в точности иерусалимскому прообразу, а лишь условно его обозначал.
В соборе можно было увидеть подобия и других иерусалимских реликвий. Паломник поднимался на Голгофу и видел там лобное место, представляющее собой огромный плоский камень с тремя лунками, обозначающими места, где стояли кресты Иисуса и разбойников. В камне была высечена трещина в напоминание о том, как раскололась гора Голгофа, на которую пала кровь Спасителя. На лобном месте в резном киоте было установлено кипарисовое Распятие XVII века. Внутри придела «Темница Христова» находилась каменная колодка в виде стула с отверстиями для ног. Она воспроизводила хранящиеся в иерусалимском храме Узы Спасителя, перенесённые туда, по преданию, из претории Понтия Пилата. У входа в заалтарный придел «Аврамова палатка» лежал Камень-Жертвенник, указывающий на то место, где Авраам приносил в жертву своего сына Исаака. Чуть дальше, у входа в подземную церковь, находился камень — подобие колонны, на которой сидел Христос, когда на него возлагали терновый венец.
В XVIII–XIX веках количество палестинских топонимов и объектов в ближайших окрестностях монастыря значительно возросло. В 1845 году была построена деревянная шестигранная часовня над Силоамским источником у северо-западного склона монастырского холма. У северного склона находился источник Самарянки, над которым тоже была поставлена маленькая часовенка. Иерусалимские названия получили к этому времени башни монастырской ограды: Сионская, Гефсиманская, Дамасская, Давидов дом, Ефремова, Варуха, Иноплеменничья. Роща в границах, определённых Кедронским потоком, стала именоваться Гефсиманским садом; берёзовая роща к юго-западу от монастыря, напротив башни Давидова дома — Урииным садом; овраги, окружающие монастырь с севера и юговостока, — Иосафатовой долиной и Юдолью плачевной. Село Никулино-Преображенское получило ещё одно название — Скудельничье. Ближе к монастырю переместились некоторые палестинские топонимы, имевшие место ещё в XVII веке. Горой Ермон стала называться вторая, западная вершина Фаворского холма. Дуб, стоявший недалеко от реки, именовался Мамврийским. Топографически всё это уже мало соответствовало реальному палестинскому первообразу, однако вызывало у паломников живые ассоциации и воспоминания соответствующих мест Священного Писания.
Вот слова знаменитого поэта XVIII века Г. Р. Державина:
На Истре Воскресенск в России знаменит,
И новым свет его Ерусалимом чтит,
Зря в нём подобие того святого храма,
В котором Божий Сын, спасая род Адама,
Торжественно воскрес от гроба, яко Бог,
И к земнородным тем явил щедрот залог,
Которые в себе всяк верный ощущает.
Читатель, посетя святые здесь места,
Почтим любовию тем самого Христа.
Эти строки были помещены на стене колокольни при входе в Воскресенский собор.
