После монгольского нашествия общерусской столицей стал Владимир-на-Клязьме. Его основание традиционно связывается с летописным известием о том, что Владимир Мономах заложил город в 1108 году. В 1990-е годы владимирские краеведы высказались за перенос даты основания города на 990 год. В обоснование этой даты приводятся известия Супрасльской, Густынской, Ермолинской, Никоновской, Холмогорской летописей, сокращённых летописных сводов 1493 и 1495 годов, летописных сводов 1497 и 1518 годов, Степенной книги, Русского хронографа, Тверской летописи.
Владимирский стол получал по выдаваемому в Орде ханскому ярлыку один из удельных князей. На протяжении первой половины XIV века основными претендентами на великое княжение были правители Твери, Москвы и Суздаля. Но затем звание столицы прочно закрепилось за Москвой
Александровская слобода была фактической столицей Руси во времена опричнины. Третьего декабря 1564 года Иван Грозный из Москвы отправился на богомолье, и к 21 декабря царский кортеж прибыл в Троице-Сергиев монастырь. После молитв и традиционной службы Иван IV отправился не в Москву, а в Александрову слободу. Уже к осени 1565 года в сюда сошлись все нити внутреннего управления, и до 1581 года слобода являлась главным политическим и культурным центром Московского государства.
В 1569 году в Александровскую слободу из Москвы была перевезена первая в России типография. Ученики первопечатника Ивана Фёдорова Андроник Тимофеев (Невежа) и Никифор Тарасиев в 1578 году печатают в ней Псалтирь, повторившую изданный в 1568 году в Москве первый русский учебник «Псалтирь Учебная». В 1571 году в слободе проходила ярмарка невест. Со всей Руси сюда приехали две тысячи красавиц, из которых Иван Грозный выбрал себе в жёны Марфу Собакину. В ноябре 1581 года здесь погиб царевич Иван, смертельно раненый Иваном IV в приступе гнева. После смерти сына царь покинул слободу навсегда.
Ярославль сыграл видную роль в событиях Смутного времени. С апреля по июнь 1612 года в городе располагалось второе ополчение. Ярославль в это время выполнял столичные функции, здесь чеканилась монета. Пополнившись новыми силами, ополчение двинулось к Москве и освободило её. Юный царь Михаил Фёдорович, будучи вызван из Костромы в Москву, сделал длительную остановку в Ярославском Спасском монастыре, где подписал грамоту о согласии взойти на престол. В память о событиях Смутного времени в городе был основан Казанский монастырь.
Во время Великой Отечественной войны в июле – октябре 1941 года в Куйбышев были эвакуированы ряд предприятий из западных регионов России и их персонал с семьями. С 15 октября 1941 года по указу Государственного комитета обороны в город были эвакуированы из Москвы Правительство СССР, Верховный Совет СССР, дипломатические представительства. В случае сдачи Москвы столицей СССР должен был стать Куйбышев. Для Верховного главнокомандующего Сталина был построен бункер. Однако Ставка Верховного Главнокомандования, Государственный Комитет Обороны – высший орган власти в стране, Генштаб РККА оставались в Москве.
За годы войны население города выросло в полтора раза – с 400 до 600 тысяч человек. Было начато производство оружия и боеприпасов. В город приезжали многие иностранные руководители, в том числе Шарль де Голль. После войны Куйбышев стал крупнейшим промышленным и культурным центром СССР.
Города становились российскими столицами в переломные точки нашей истории, и у каждой из столиц удивительная и во многом ещё загадочная судьба.