Музей принимает активное участие в археологических раскопках – в 1946–47 годах в Заяузье, а затем в Зарядье. Новая музейная экспозиция 1947 года, посвященная 800-летию Москвы, впервые строится по историко-хронологическому принципу. Она состоит из двух основных разделов – Москва историческая и Москва социалистическая. Созданный в 1950-е годы отдел археологии принимает участие в раскопках в Александровском саду. Именно тогда были обнаружены знаменитая находка – сумка-калита и кость для игры в зернь, и сегодня находящаяся в экспозиции. В 1959–60 годы проводятся раскопки на территории Кремля. В 1985–87 годы музею были отданы Церковь всех Святых на Кулишках на Старой площади и возрождённые П. Д. Барановским Палаты Старого Английского двора на Варварке для создания в них филиалов музея. В 1987 году Музей истории и реконструкции Москвы был переименован в Музей истории города Москвы.
В последние десятилетия открылись новые филиалы: в 1994 году – Старый Английский двор, в 1997-м – Музей археологии Москвы и Музей Храма Христа Спасителя, в 1999-м – Музей русской гармоники А. Мирека, Музей истории Лефортова и Музей русской усадебной культуры в усадьбе «Кузьминки». В начале XXI века Музей Москвы стал крупнейшим в столице музейным объединением. Он выступает организатором международных форумов и крупных выставочных проектов, посвященных различным темам: истории и культуре города, его глобальным проблемам и историческим событиям, активно сотрудничает с музеями за рубежом.
Экспозиция «От поселения до столицы» расположена в первом зале Музея Москвы на Новой площади. История Московского края и самого города с древнейших времен до XVIII века, находит своё отражение в уникальных экспонатах. В отдельной витрине выставлен клад с Щербинского городища, состоящий из 130 вещей, в основном –ювелирных украшений: золочёных стеклянных бус, массивных спиралевидных браслетов и четырехугольных ажурных блях, венчиков с двумя умбоновидными височными подвесками. Клад позволил исследователям реконструировать относящийся к дьяковской археологической культуре костюм женщины, жившей в начале 1 тысячелетия нашей эры.
В экспозиции представлены разные височных типы колец, характерных для населения Древней Руси. На шее женщины носили ожерелья из горного хрусталя, сердолика, стекла, янтаря, биллона и даже лесных орехов, дополнявшиеся подвесками. Наиболее состоятельные из них надевали на шею гривны, на запястьях носили витые, плетёные или пластинчатые браслеты. Пальцы обеих рук украшались кольцами и перстнями.
Из Новгорода, Смоленска, Киева попали в Москву разноцветные стеклянные браслеты, распространенное украшение горожанок XII–XIII веков. Некоторые экспонируемые в музее предметы были привезены в Москву за тысячи километров от места их производства. Среди них – бронзовый замочек в виде фантастического животного из Волжской Булгарии, орнаментированный самшитовый гребень из Закавказья, янтарь и изготовленные из него перстни, бусины и пуговицы с берегов Балтийского моря, стеклянные перстни и вставки к ним из Западной Европы, сосуды из тончайшего стекла из Византии и даже раковина каури с побережья Индийского океана.
В Музее Москвы хранится большая коллекция живописных и графических работ выдающегося художника, крупного знатока истории и археологии Москвы Аполлинария Михайловича Васнецова (1856–1933). В экспозиции представлена целая серия картин, отражающих основные вехи истории Московского Кремля и ярко демонстрирующих изменение его облика на протяжении нескольких столетий. Посетители музея увидят и первый известный план Москвы – «Петров чертеж», составленный в самом начале XVII века. Узнать, как одевались москвичи в старину, посетителям помогают фигуры горожан: женщины у колодца, мастера-гончара, кузнеца за прилавком. Надетая на них одежда представляет собой историческую реконструкцию типичных видов повседневного средневекового городского костюма. В отдельной витрине экспонируются фрагменты шерстяных тканей, украшения, кожаная обувь. Наибольшей интерес вызывает головной убор, расшитый золотными нитями, – волосник. На его лобной части видны чередующиеся фигуры единорогов и растительный орнамент.
В экспозиции воспроизведена часть крупной московской гончарной мастерской середины XVII века, где изготавливалась не только посуда и другие бытовые предметы, например, костяшки для счёт, но и строительные и отделочные материалы: кирпич, изразцы. Мастера-литейщики снабжали горожан простыми украшениями и деталями одежды. Ассортимент продукции этих мастеров был весьма широк – перстни, пуговицы, накладки на пояса, серьги и многие другие изделия. Кузнецы обеспечивали сельскую округу Москвы они сошниками, серпами, косами, оковками лопат, подковами для лошадей. Для плотников они делали топоры, скобели, долота и сверла; для сапожников – специальные ножи, сапожные молотки, шилья, обувные подковки и гвозди; для портных – ножницы и иголки; для рыболовов – крючки, блесны, остроги; для охотников – наконечники стрел и специальных копий-рогатин. Не менее значительную часть среди изделий московских кузнецов составляли разнообразные предметы вооружения. Предметы вооружения и снаряжения воина XV – XVII вв. посетители видят в «Лавке оружейника».
В случае надвигающейся опасности москвичи прятали свои сбережения, сохраняя их «на чёрный день». Посетители видят один из таких московских кладов, обнаруженный строителями в 1952 году. В небольшой пузатой чернолощеной кубышке были сложены 370 серебряных монет времен Ивана Грозного. Они непривычны для нас – тоненькие, в виде неровного овала, размером не больше арбузного семечка. На одной их стороне мелкими буквами был отчеканен титул и имя правителя, при котором они были изготовлены, на другой – изображение всадника, убивающего змея копьём. Отсюда и пошло название «копейка». Весила она всего 0,68 грамма.
В экспозиции музея нашли свое место и предметы, связанные с православной верой москвичей. Это – медные, костяные, деревянные нательные кресты, образки и кресты-энколпионы, костяные ложечки для причастия, медная чашечка с эмалью. Среди них выделяется небольшая деревянная иконка-мощевик конца XV века, которая носилась на шее в специальном мешочке-ладанке из дорогой ткани. Сохранилась и обугленная просвира из муки, найденная в подклете Ново-Симоновского монастыря.
Встречаются при раскопках шахматные фигурки, вырезанные из дерева или кости. и обломки белокаменных шахматных досок-«тавлей» с правильно расчерченными, одинаковыми по размеру прямоугольниками – две из них представлены в экспозиции.
Большинство музыкальных инструментов вылеплены из глины: свистульки – птички с отверстиями по бокам и на хвосте, порой с ушастой головой и вытянутым клювом; «соловьи» – кувшинчики с трубкой-свистком, налитая в них вода позволяла извлекать длинные трели; обломки дудочек-флейт. Был найден и маленький железный музыкальный инструмент со звонким язычком – «варган».
Грамотность была широко распространена среди московского населения, о чём свидетельствует целый ряд археологических находок. Это костяные писáла, глиняные и литые медные чернильницы, рукописные и старопечатные книги, а также различные бытовые предметы с процарапанными на них отдельными буквами. Наиболее ранней находкой подобного типа является шиферное пряслице из Заяузья, на боку которого прочерчен знак владельца в виде змейки-зигзага или буквы «N». Около сохранившейся стены Китай-города в Китайгородском проезде нашли головку сапога с процарапанным по нему тонким острым инструментом словом «ИВА». Из Зарядья происходит белокаменная печать, на которой по кругу идет надпись «Иваньские кладези». Интересна и маленькая овальная костяная печать, размером всего 1,6 на 1,3 сантиметра. На ней внутри круга изображен воин с копьём и щитом – святой Иоанн, а по её окружности была нанесена надпись «Печать Ивана Карови». Есть в коллекции музея и большой чернолощеный кувшин на 13 литров, найденный во время строительных работ в Казарменном переулке – район современного Покровского бульвара – на дне древнего колодца. Под горлом кувшина была процарапана надпись «Кувшин добра человека Григория Офонасева». Сделавший надпись Григорий Афанасьев был богатым человеком, «добрым», как раньше называли состоятельных людей, и держал собственную лавку в Китай-городе. Как видим, он не упустил случая письменно похвастаться своим положением более 350 лет тому назад. В доме приказного подьячего середины XVII века был найден глиняный «чернильный прибор». Он состоял из флакона для чернил, подставки под перья и коробочки для песка – им присыпали написанный тест.
Проехать на извозчике по узким московским улочкам, попить чайку и полакомиться в трактире гурьевской кашей, пожить в меблированных комнатах, сходить за покупками в знаменитый «Мюр и Мерилиз» или в антикварный магазинчик, побывать на Красной площади в день Вербного базара, к сожалению, уже невозможно. Но во втором экспозиционном зале Музея Москвы можно ощутить неповторимую атмосферу первопрестольной конца ХIХ – начала ХХ столетия.
В витрине с надписью «Вокзалъ», как на перроне конца XIX века, стоят изящные дамы в дорожном платье и с горой багажа – баулами, саквояжами, круглыми шляпными коробками. С вокзала, взявши «голубчика» – профессионального извозчика – гости Москвы отправлялись в гостиницы. Публика побогаче селилась в гостиницах первого класса – «Славянском базаре» на Никольской, «Дрездене», «Континентале» или «Европе». Иностранцы предпочитали знаменитый «Берлин или «Билло» на Большой Лубянке. А приезжие с более скромными доходами селились в меблированных комнатах «Мадрид и Лувр», «Варварское подворье», «Флоренция». Вид таких комнат был довольно скромным, о чем дает представление реконструкция такой комнаты в экспозиции.
Москвичи и приезжие с интересом рассматривали витрины «колониальных магазинов», оформленных с особым шиком и торговавших «заморскими» деликатесами и сластями. «В колониальных магазинах и лавках можно было в любое время достать всё – от рябины в сахаре до бородатого кокосового ореха из Африки, от сушеной малины и земляники до финика из Аравии и сигар из Гаваны… Каких только сортов чая не продавалось в Москве – от драгоценного «императорского» Лян-Сина «Букет китайской императрицы»… до крепких, как куски черного гранита, плиток «кирпичного чаю»!» – писал известный москвовед С. Н. Дурылин. В начале ХХ века в Москве открылся первый универсальный магазин, который сразу же стал городской достопримечательностью. Реконструкция витрины знаменитого «Мюра и Мерилиза» привлекает внимание не только изысканными дамскими нарядами эпохи «fin de siécle», но и забавным для современного посетителя механическим кассовым аппаратом. Особой популярностью у горожан пользовались антикварные магазины, где можно было купить Старинные рукописи, книги, бронзу, фарфор, ткани, скульптуру и живопись.
После появления дагерротипии, а затем и фотографии граждане стали увековечивать себя и своих близких «на добрую память» и заполнять пухлые, обитые бархатом и украшенные золотым тиснением фотоальбомы. Первые фотографы появились в Москве в конце 1839 года. Они арендовали помещения в самых модных торговых районах города – на Петровке, Тверской, Кузнецком мосту. К началу 1850-х годов в Москве работало уже 10 мастерских – «салоны», «залы», «галереи» для снятия портретов известных фотографов М. Абади, К. Бергнера, А. Блюменталя и других. Число мастерских увеличивалось благодаря притоку русских мастеров. Салона модного московского фотографа второй половины XIX века Карла Фишера реконструирован в экспозиции.
«Московские трактиры составляют одну из замечательностей Москвы и заменяют собой кафе Западной Европы», – писал платоновский «Путеводитель. Москва и окрестности» в 1883 году. В. И. Гиляровский отмечал, что изначально в центре города был только один ресторан – «Славянский базар», остальные же заведения назывались трактирами, отличавшимися и уровнем обслуживания, и контингентом посетителей.
С конца XIX века новые виды транспорта – конка и трамвай – начинают вытеснять московских извозчиков. В экспозиции представлен макет знаменитой конки. Конка представляла собой вагон с открытым вторым этажом – «империал», который тянула по рельсам пара лошадей. Проезд одной станции стоил 5 копеек в вагоне и 3 копейки – наверху. В 1901 году Дума выкупила права на эксплуатацию конок и начала постепенно заменять их городскими трамваями.
Большое значение в жизни москвичей придавалось православным праздникам: Вербному Воскресенью и Пасхе, Рождественским праздникам и гуляниям на Троицу. В посвящённых им витринах представлены акварели и графика, праздничные открытки, предметы быта, праздничной одежды, меню праздничных обедов, оформленные известными художниками.