Его история началась в декабре 1938 года, когда по инициативе академика Б. Д. Грекова в целях координации научных исследований по истории Новгорода на базе Новгородского музея была создана Новгородская секция Института истории АН СССР. Её создание свидетельствовало о признании уникальности Новгорода, его большой значимости для изучения отечественной истории и культуры.
Касаясь предыстории создания секции, следует отметить, что в 1910–1920-х годах научная деятельность и сотрудничество со столичными учёными в Новгороде осуществлялись на базе Новгородского общества любителей древности. Многолетняя успешная деятельность этой организации была хорошо известна за пределами Новгорода, поэтому ещё в 1929 году С. Ф. Платонов и Б. Д. Греков при участи председателя общества М. В. Муравьёва планировали создание Ленинградского отделения общества. Однако этому помешали начавшиеся в 1930-х годах репрессии в отношении «буржуазных краеведов» и последовавшее в 1933 году закрытие общества.
В состав секции вошли директор Управления новгородскими государственными музеями А. А. Строков, его заместитель по научной работе В. А. Богусевич, а также преподаватели Новгородского государственного учительского института В. А. Фигаровский и Н. Г. Порфиридов. Активное участие в работе секции принимали известные учёные М. Н. Тихомиров и А. В. Арциховский.
Совместно с Новгородским музеем секция занималась организацией археологических раскопок на Ярославовом дворище и в Кремле. Под грифом секции вышли два выпуска Новгородского исторического сборника. В 1939 и 1940 годах на её базе были проведены две научные конференции. Деятельность секции прекратилась с началом Великой Отечественной войны. В послевоенное время никто из её сотрудников в Новгород не вернулся.
Однако традиции не были забыты. В 1979 году по инициативе академика В. Л. Янина и при активной поддержке первого секретаря Новгородского обкома КПСС Н. А. Антонова на базе Ленинградского отделения Института истории СССР АН СССР был создан отдел (ныне секция) истории Новгорода, который стал преемником Новгородской секции Института истории Академии наук.
Отдел возобновил издание «Новгородского исторического сборника», его сотрудниками было опубликовано более 200 научных и научно-популярных работ, в том числе энциклопедический словарь «Великий Новгород. История и культура IX–XVII веков», монографии «Очерки истории Новгорода конца XV – начала XVIII века», «Новгород в XVI веке и его духовная жизнь», «Новгородский частный акт XII–XV веков», «Владычная палата Новгородского кремля», «Великий Новгород в иностранных сочинениях XV – начала XX века», а также сборники документов «Описи Новгородского Софийского собора», «Новгородские таможенные книги 1610/11 и 1613/14 годов», «Следственное дело о Новгородском восстании 1650 года».
На базе отдела проводились симпозиумы и конференции, в том числе и международные: Novgorodiana etxtranea («Зарубежная Новгородика»), Novgorodiana Sveciana («Шведская Новгородика»), Novgorodiana Stockholmensia («Стокгольмская Новгородика»), «Государственная власть и местное самоуправление на северо-западе России», «Викинги на Востоке».
В 2002 году был подписан договор о научном сотрудничестве между Санкт-Петербургским институтом истории РАН и Новгородским государственным университетом. С этого времени приоритетным направлением в деятельности Новгородской секции СПбИИ РАН стало проведение фундаментальных научных исследований на основе интеграции академической и вузовской науки. Уже в первые годы совместной деятельности секции и Новгородского университета был накоплен положительный научный опыт, который позволил перейти к более углублённому и разностороннему сотрудничеству.
В 2002–2012 годах был реализован ряд научных и издательских проектов, в том числе такой фундаментальный проект, как «Великий Новгород в мировой и отечественной истории и культуре», в рамках которого была издана десятитомная «Новгородская историческая библиотека». Наряду с работами современных исследователей и документами в этой серии были переизданы ставшие библиографической редкостью книги по истории Великого Новгорода и Новгородского края, не утратившие своего научного значения. Их издание в рамках одной серии стало символическим знаком преемственности, традиции и новации современного новгородоведения.
Сегодня новгородскую проблематику активно разрабатывают российские и зарубежные учёные от Калининграда до Омска и от Америки до Японии. Объединить их усилия призвана международная конференция «Новгородика», которая раз в два года проводится Новгородской секцией и Новгородским университетом при поддержке областной администрации. Она становится научным брендом Великого Новгорода. В конференции «Новгородика – 2012», посвящённой 1150-летию зарождения российской государственности, приняли участие около 150 отечественных и зарубежных учёных. Ни один город, за исключением Москвы и Санкт-Петербурга, не смог бы собрать столько исследователей своей истории и культуры.
В настоящее время сотрудники Новгородской секции разрабатывают комплексную тему «Новгород и Новгородская земля в социокультурном генезисе и эволюции российской государственности». Новгород и его история рассматриваются как один из наиболее влиятельных факторов в возникновении и эволюции Российского государства, органически дополненных в XX веке активным развитием археологической науки и формированием целых научных школ, занимающихся его комплексным изучением.
В декабре 2006 года в Москве проходили парламентские слушания «1150-летие Великого Новгорода: исторические корни и будущее России». По итогам чтений были приняты рекомендации, в которых Российской академии наук было предложено «принять меры по укреплению кадровой и материальной базы Новгородской секции Санкт-Петербургского института истории РАН с целью превращения её в научно-исследовательский центр по изучению и популяризации истории Новгородского края и координации научно-исследовательской деятельности отечественных и зарубежных исследователей в рамках комплексных программ по изучению роли Великого Новгорода в становлении российской государственности и культуры».
Если это решение будет проведено в жизнь, то со временем в Великом Новгороде появится гуманитарный научный центр, который объединит усилия археологов, историков, искусствоведов и реставраторов.
Создание такого центра позволит объединить усилия российских учёных, а также привлечь к сотрудничеству учёных ближнего и дальнего зарубежья для эффективного использования инновационного потенциала, направленного на комплексное изучение роли Великого Новгорода в становлении российской государственности и культуры.
