В 1648 году Красное вновь стало царским подарком — Алексей Михайлович Романов пожаловал сельцо своему тестю Илье Даниловичу Милославскому, от которого оно через двадцать лет перешло к его сыну, а в 1695 году досталось его дочери, бывшей замужем за сыном обосновавшегося в России имертинского и кахетинского царевича Арчила Вахтанговича — Александром Арчиловичем.

Александр был другом детства Петра I, участвовал в Великом посольстве и был оставлен в Гааге для изучения артиллерийского дела. По возвращении получил звание генерала артиллерии, а впоследствии и специально придуманный для него до того не существовавший чин генерал-фельдцейхмейстера. Мысль о постройке храма в своей подмосковной вотчине пришла к Александру в конце 1690-х годов. Но этот замысел он так и не исполнил, поскольку в ходе Северной войны оказался в шведском плену, где и умер в 1711 году во время побега.

Исполнение обещания сына построить храм взял на себя его отец и в 1703 году начал строить церковь в селе Красном. Основными работниками были крепостные русские мастера, а также жившие в долине Пахры потомственные каменотёсы. В декабре 1706 года царевич Арчил сообщил: «Построил я церковь каменную во имя апостола евангелиста Иоанна Богослова». Однако внутреннее убранство церкви показалось поначалу недостаточно благолепным, и освящена она была лишь в 1710 году. С этого времени Красное превратилось из не имеющего церкви «сельца» в село. Из древних икон в храме находился образ Иоанна Богослова, по преданию, привезённый из Греции.

Со временем усадьба перешла к дочери Александра — Софье, бывшей к тому времени замужем за князем Е. Л. Дадиани. Очередной наследник князь А. П. Дадиани решил расширить усадебную церковь, эта работа была закончена в августе 1786 года.

Когда Россия подверглась нападению французов, война затронула и Красное. Отводя войска за Москву после Бородинского сражения, М. И. Кутузов провёл их через Подольск в находящееся неподалёку село Красная Пахра на Калужской дороге. Русская армия стояла здесь пять суток с 9 сентября 1812 года, а ровно через месяц, 9 октября, в Красной Пахре, покидая Москву, останавливался Наполеон.

Местное население активно участвовало в изгнании захватчиков. М. А. Милорадович отмечал: «Вооружённые мужики истребляют врагов без пощады. Один староста в Красной Пахре собрал 3000 конных мужиков и защищал свою слободу с таким успехом, что я наградил его Георгиевским крестом».

Двигаясь по Большой Калужской дороге, французы разорили всё вокруг, не обошли и церковь в Красном. Их интересовали в основном драгоценные украшения её убранства, но Бог миловал от пожара, которым при захватчиках подвергались другие разграбленные ими храмы.

В начале XIX века имением владел председатель Государственного совета и председатель кабинета министров правительства Александра I генерал-фельдмаршал светлейший князь Н. И. Салтыков. С 1816 года обновлённая усадьба перешла его сыну Александру, а после его смерти в 1857 году село досталось во владение вдове Н. Ю. Салтыковой-Головкиной.

В середине XIX века вся усадьба Красное подверглась реконструкции. Церковь Иоанна Богослова, помещённая на главной оси созданного архитектурного ансамбля, органически вошла в его состав. Церковь тоже была перестроена: с северной стороны добавился второй придел, на западных фасадах поставили парные колокольни, а между ними устроили парадный вход в храм с белокаменной лестницей, которая вела в четырёхколонный портик, увенчанный мощным треугольным фронтоном. Все фасады получили новое, единое ампирное оформление и характерную жёлто-белую окраску. Иконостас был четырёхъярусный, а верхушка царских дверей «полукруглая с чашею».

Реконструированный храм приобрёл вид вполне ординарного, но добротного образца русской архитектуры позднего классицизма в его провинциально-усадебном варианте.

В 1912 году имение Красное было куплено министром финансов С. Ю. Витте. В революционные годы храм подвергался осквернению, а в конце 1920-х был закрыт, кресты свергнуты, колокольни разрушены. Поначалу в том, что осталось, помещались клуб, типография, зал для занятий тяжёлой атлетикой. Восьмерик использовался и как жилой дом. В 1980-е годы храм подвергся полному разорению, хотя его и пытались охранять как памятник архитектуры.

Новое время положило начало постепенному возрождению храма. Осенью 1990 года усилиями будущих прихожан он стал очищаться от мусора, игумен Феодор (Волчков) провёл первые молебны в наиболее сохранившемся приделе. 21 мая 1991 года в день памяти святого евангелиста Иоанна Богослова здание передали приходской общине. В южном приделе после длительного перерыва была совершена Божественная литургия. Летом 1992 года отремонтировали значительные участки стен, а в конце года в храме появился первый, и пока единственный небольшой колокол.

На сегодняшний день в храме полностью завершён косметический ремонт, проведены необходимые коммуникации, оштукатурены стены и своды, установлены новые алтари. Резной деревянный декор выполнен бригадой резчиков под руководством талантливого мастера Ю. В. Кузина. Иконы написаны потомственными иконописцами из города Мстёры Владимирской области под руководством В. А. Лебедева в манере, характерной для этой школы. Все работы производились на пожертвования прихожан, начиная от «лепты вдовицы» и кончая крупными взносами.

В 2012 год был создан фонд «Возрождение церкви Иоанна Богослова в селе Красном». В числе его основателей — национальный фонд «Возрождение русской усадьбы», многие годы поддерживающий и организующий частные и общественные инициативы по сохранению культурного наследия, и общественный деятель и предприниматель С. И. Гильварг.

Фонд «Возрождение церкви Иоанна Богослова» поставил перед собой задачу сбора средств на разработку проекта и полную реставрацию церкви, поддержку приходской жизни, благоустройство прицерковной территории. Решается и задача просветительская — изучение истории храма Иоанна Богослова, распространение информации об этом ценном памятнике русской истории и архитектуры и о жизни прихода.

«Это международная практика, которая начинает приживаться и в России, — считает президент фонда В. И. Алявдин. — Только так, используя частный, общественный и государственный интересы, мы можем лучшим образом сохранить наше культурное наследие». 

Материал подготовил С. А. Фомин при содействии фонда «Возрождение церкви Иоанна Богослова»