В центре Нового Афона находится небольшой крестово-купольный храм, являющийся уникальным памятником древнего зодчества, — церковь Симона Кананита.
О начальном проникновении христианства на территорию древней Абхазии существуют различные версии. Есть предание, согласно которому семена первоначального христианства были занесены в Абхазию ещё в I веке апостолом Андреем Первозванным и его спутником Симоном Кананитом, прибывшими через Капподокию и приморский город Трапезунд.
Согласно данным известного церковного историка митрополита Макария (Булгакова), они с проповедью прошли с южного Черноморского побережья в Вифинию и Понт и достигли в 55 году нашей эры пределов Абхазии. Здесь апостол Андрей Первозванный оставил Симона Кананита в районе реки Псырцха с целью распространения христианства среди местного населения. В том же году Симон Кананит подвергся гонениям и принял мученическую смерть. В VI–VIII веках на месте его погребения был возведён белокаменный храм в память первых контактов абхазов с христианством. Характерной чертой церкви Симона Кананита, как и других раннесредневековых абхазских храмов, являлись алтарные апсиды, выступающие в восточной части здания. Стены храма и утраченных теперь притворов были когда-то покрыты изнутри штукатуркой с фресковыми росписями. Позднее церковь стала Епископской кафедрой, а также местом погребения духовных особ Сухумской (Цхумской) епархии.
Ново-Афонский монастырь был основан в 1875 году монахами монастыря Св. Пантелеймона Старого Афона. Они попросили чрезвычайного и полномочного посла России при Оттоманской Порте (Турции) графа Н. П. Игнатьева возбудить ходатайство о предоставлении им в Закавказье небольшого количества земли для устройства мужского монастыря. В феврале 1875 года Игнатьев написал в письме наместнику Кавказа великому князю Михаилу Николаевичу: «Глубина православных убеждений, чистота и строгость жизни… нашей братии на Афоне служит, мне кажется, ручательством, что и на Кавказе иноки эти будут полезными и ревностными деятелями распространения Православия…».
Правительство Российской империи обратилось к игумену Старо-Афонского монастыря с просьбой выделить часть монахов для основания обители в Абхазии. Прибывшие из Афона в сентябре 1875 года монахи, осмотрев несколько предложенных им на черноморском побережье участков, выбрали место, где, согласно церковной легенде, был погребён один из первых распространителей христианства на Кавказе Симон Канонит. Монахи назвали свою обитель Ново-Афонским Симионо-Канонитским монастырём.
Наиболее активно свою деятельность монастырь начал после утверждённого 8 декабря 1879 года императором Александром II Устава Ново-Афонского монастыря, который давал широкие права монахам не только в миссионерской, но и в хозяйственной деятельности. В 1886 году Новый Афон удостоил своим посещением император Александр III. На месте его встречи с настоятелем монастыря монахи построили часовню. Дорога, пройденная царём от храма Симона Канонита до Ново-Афонского монастыря, была названа «царской аллеей». Постоянным посетителем монастыря стал наместник Кавказа — брат императора, великий князь Михаил, который счёл нужным опекать этот монастырь.
С 90-х годов XIX века Новый Афон — крупнейший религиозный центр Российской империи на Черноморском побережье Кавказа.
В 1883–1896 годах были построены монастырские корпуса с церквями. В центре западного корпуса воздвигли 50-метровую колокольню с часами, мелодичный бой которых слышался далеко в округе. Под колокольней расположилась бывшая монастырская трапезная, стены которой расписали фресками известные «волжские богомазы» братья Оловянниковы.
В центре четырёхугольника, образованного корпусами монастыря, возвысился Пантелеймоновский собор, построенный в так называемом нововизантийском стиле, распространённом в русском церковном зодчестве конца XIX — начала XX века. Его увенчали пять куполов, высота центрального составила 40 метров. В 1911–1914 годах стены изнутри богато расписали мастера из села Палех и группа московских художников под руководством Н. В. Молова и А. В. Серебрякова. Фрески отличаются сочетанием голубых, коричневых и золотистых тонов. В ряде случаев отмечается отход от канонов иконописи, что особенно характерно для изображения Марии Магдалины, выполненного известным русским художником М. В. Нестеровым, а также для сцены Страшного суда у центрального входа. Стенные росписи Пантелеймоновского собора являются одним из последних памятников русской иконописной школы.
В настоящее время здесь открыто Ново-Афонское епархиальное духовное училище.
Возвращение иконы
Образ cвятого великомученика и целителя Пантелеймона был написан в Русском Свято-Пантелеймоновом монастыре на Афоне ко дню коронации Николая II и передан в дар Ново-Афонской обители святого Симона Кананита в 1896 году. После Октябрьской революции 1917 года икона была утрачена, поскольку здание монастыря в советские годы использовалось в качестве общежития. Возможно, святыню собирались вывезти за границу — на ней остались следы распилов.
История её возвращения такова. В приёмную депутата Госдумы РФ, члена Комитета по международным делам Ивана Саввиди позвонили и рассказали о возможном местонахождении реликвии.
На тыльной стороне иконы была обнаружена надпись: «Икона сия писана и освящена на Святой горе Афонской в Русском святого великомученика и целителя Пантелеимона монастыре, от коего и послана в благословение Христолюбивым жителям в благодатную помощь, покров и заступление всем с верою и усердием прибывающим ко святому Пантелеимону и умильномолящимся перед честным Его образом». 18 мая 2009 года икона была торжественно передана абхазскому Ново-Афонскому монастырю.