В середине XIX века, когда для русских богомольцев открылась возможность чаще посещать святые места Востока и Средиземноморья, были предприняты усилия для закрепления за Россией места подвигов и блаженной кончины Николая Чудотворца. Инициатором стал известный писатель-паломник А. Н. Муравьёв. В 1851 году он приобрёл на собранные пожертвования в Мирах Ликийских, в Турции, участок земли с развалинами древней базилики, где почивали мощи святителя до перенесения их в 1087 году в Бар-град. В Петербурге в конце 1860-х годов были построены деревянная часовня, а затем и каменный храм, в котором осуществлялся сбор средств на восстановление базилики. Однако из-за противодействия турецких властей и Константинопольского Патриархата России, несмотря на многолетние усилия наших дипломатов, не удалось ни сохранить за собой Мирликийский участок, ни осуществить задуманное строительство.
Великая княгиня Елизавета Фёдоровна, став председателем Палестинского общества, унаследовала и номинальные права на переданный ИППО участок в Мирах Ликийских, и вполне реальный капитал в 246 тысяч рублей, накопившийся в Николо-Александровском храме на Песках в Петербурге. В 1910 году было принято решение превратить Мирликийский проект в Барградский – купить на собранные деньги участок земли в Италии, в Бари, где находятся мощи Николая Чудотворца, и приступить к строительству там подворья Палестинского общества.
Седьмого января 1911 года из Москвы в Италию выехал известный духовный писатель и проповедник, активный деятель Московского отдела ИППО протоиерей Иоанн Восторгов. 20 января отец Иоанн послал в Совет Общества телеграмму об успешной покупке земли. По возвращении в Россию он закончил речь о своей поездке словами: «Да вознесётся на дальнем иноверном Западе православный храм с сияющими крестами и куполами!».
Двенадцатого мая 1911 года император Николай II утвердил предложения ИППО по строительству паломнического комплекса и учредил специально для этих целей Барградский строительный комитет под своим покровительством. Проект был выполнен архитектором А. В. Щусевым. К началу Первой мировой войны был завершён храм, возведённый по образцам новгородско-псковского зодчества XV века, и почти закончено подворье для паломников. Просторные и удобные здания ансамбля были построены с учётом последних инженерных достижений, вокруг разбили сад.
Революция и гражданская война прервали связь Барградского подворья с Россией. Советское правительство, начиная с 1920-х годов, вело переговоры по возвращению архитектурного комплекса, и итальянский суд решил вопрос в пользу России. Но этому воспротивились управлявшие в те годы подворьем члены эмигрантского Палестинского общества. В 1937 году князь Жевахов, который в своё время занимался делами Барградского комитета, продал подворье в собственность муниципалитету города Бари. Городские власти обещали при этом содержать на свой счёт церковь и православного священника, что и продолжалось до 1990-х годов.
В 1998 году храм был возвращён Русской Православной Церкви, а 14 марта 2007-го в ходе визита Президента РФ В. В. Путина в Бари прошли переговоры о полной передаче подворья. Официальная церемония состоялась 1 марта 2009 года в присутствии Президента Италии Джорджо Наполитано и Президента России Дмитрия Медведева.
