В 1990-е годы ИИФФ был разбит на четыре подразделения, оставшихся формально под крышей объединённого института: археологии и этнографии, истории, филологии, философии и права. В 1991 году Институт археологии и этнографии получил независимый статус, а в 2006-м полную самостоятельность обрели и остальные институты.
С 1998 года Институт истории СО РАН возглавляет член-корреспондент РАН Владимир Александрович Ламин, ведущий специалист по истории социально-экономического развития Сибири и России.
Сегодня здесь работают 53 исследователя, сложилась и успешно развивается научная школа под руководством академика Н. Н. Покровского – «Источниковедческие и археографические исследования отечественной истории». Под эгидой школы ведётся работа по выработке и совершенствованию приёмов и правил подготовки текстов для научного издания – как источников XVI–
Сотрудники института поддерживают научные контакты с коллегами из Казахстана, Беларуси, Китая, Монголии, Индии, Японии, Германии, США, проводя обмен делегациями, совместные конференции, реализацию крупных исследовательских проектов.
В последние годы завершён фундаментальный многолетний труд по подготовке к полному научному изданию «Степенной книги царского родословия» – первого нелетописного свода русской истории, созданного в один из наиболее важных и трагических переломных моментов – в канун опричнины.
Важным вкладом в отечественную науку стали расшифровка доктором исторических наук А. Х. Элертом основного труда выдающегося российского историка и этнографа XVIII века Г. Ф. Миллера «Описание сибирских народов».
Осуществлён источниковедческий анализ закрытых до 1991 года документов Политбюро ЦК РКП(б) как источника по истории Русской Православной Церкви. При помощи специально разработанных приёмов анализа, сочетающих методики архивоведения – археографии, текстологии и сфрагистики, кандидат исторических наук С. Г. Петров установил смысл практически каждого засекреченного постановления Политбюро по церковным вопросам изучаемого хронологического периода.
Совместно с белорусскими учёными проведено детальное исследование участия белорусов в освоении Сибири в XVII–XX веках. Основное внимание уделено судьбам людей, фамильным династиям, начиная с легендарных времён Ермака и до наших дней, продолжавшим своеобразную эстафету славянского движения за Урал. В результате этот исторический процесс воссоздан во всей полноте, расширены представления о современном демографическом, технико-экономическом и социокультурном потенциале Сибири. Авторы подготовленного в ходе работы издания «Очерки истории белорусов в Сибири в XIX–ХХ вв.» В. А. Ламин, Д. Я. Резун, Т. С. Мамсик, Г. А. Бочанова, М. В. Шиловский были удостоены премии имени академика Валентина Афанасьевича Коптюга.
Под руководством доктора исторических наук В. И. Шишкина было подготовлено обширное научно-справочное издание «Сибирь в лицах», посвящённое административно-политической, деловой, интеллектуальной, творческой и спортивной элите девятнадцати субъектов Российской Федерации, в начале 2001 года входивших в Сибирское соглашение.
Весь коллектив института принимал участие в подготовке трёхтомной «Исторической энциклопедии Сибири». Всего в «Энциклопедии» около 4000 статей, опубликованных в алфавитном порядке. Это издание впервые показывает развитие Сибири в исторической перспективе – с древнейших времён до наших дней.
Институт активно взаимодействует с районной, городской и областной администрациями, проводит научно-просветительские мероприятия и знакомит общественность с историей Сибири.
