В 100-летнем возрасте Преображенская церковь Кижского погоста изменила свой первоначальный образ: бревенчатые срубы были обшиты тёсом, а многочисленные главы обиты листовым железом. Наружная обшивка была отдана подрядчику Егору Потапову «с товарищи», а обивка глав железом – подрядчику Егору Михееву. Листовое железо и гвозди закупали в Петрозаводске у купца Андрона Гаврилова, а также в Санкт-Петербурге. Деньги на закупку собирали заранее с местных прихожан. Так «18 июня 1814 года священник Пётр Нефедьев собрал 1100 рублей 5 копеек, а также 100 пудов листового железа и гвоздей на 50 рублей». Из архивных документов известно, что в ремонтных работах принимали участие крестьяне деревень Кижского прихода: Ольхино, Телятниково, Ерснево, Пустой берег, Липовицы, Волкостров, а также Великогубского и Типиницкого приходов, Кузарандской волости.
Ещё через 50 лет, в 1864 году, состояние Преображенской церкви потребовало «...неотложных поправок по причине ветхости... бочки под 22 главами все обогнили и требуют переделки и перекрытия новым тёсом, а в самой церкви покривившиеся полы перестлать, и, если можно будет, поднять осевшие стены на фундамент». В феврале 1866 года секретарь Строительного отделения Губернского правления Г. Петров составил план и смету на исправление «всех ветхостей в ней оказавшихся».
Для проведения столь крупного ремонта нужны были средства. С этой целью в 1866 году была исходатайствована Сборная книга для записи пожертвований разными лицами на поправку церкви, а в 1867 году учрёжден Комитет по исправлению Преображенской церкви. Восемнадцатого февраля 1869 года был составлен Договор: «..мы, нижеподписавшиеся Повенецкого уезда Пудожского прихода государственные крестьяне Родион Поташев и Гавриил Насонов, составили Договор с Комитетом по поновлению церкви Преображения в Кижах о том, что мы обязались выполнить плотницкие и другие работы. Всю работу обязуемся выполнить за 850 рублей, своё продовольствие и жилище, и обязуемся начать работу 1 апреля и закончить её обязательно 1 октября 1869 года».
Ремонтные работы выполнялись под наблюдением подрядчика Евдокима Фалалеева. В результате ремонта в 1870 году церковь была «исправлена извне и снаружи»: паперть покрыта «в два новых теса», внутренние стены обшиты досками, настланы новые полы.
Обновление интерьера церкви предусматривало золочение иконостаса. На ремонт церкви и позолоту иконостаса шли пожертвования от разных лиц печёным хлебом, рожью, овсом, шерстью, полотенцами, холстом во время хождения по приходу с иконой Божией Матери и Всемилостивого Спаса. Крестьянской вдовой Кижского прихода Стефанидой Андреевной Моржовой было пожертвовано 1000 рублей серебром. Пожертвования поступали из Петербурга и Ревеля от местных купцов.
В начале XX века началось паломничество на Север художников и архитекторов. Их привлекало то, что хранилось здесь в своей первозданности. И. Я. Билибин, отмечал «...невиданный размах строительной фантазии в Кижах». Шедевром, который смело можно назвать венцом народного творчества, назвал Преображенский храм в 1916 году выдающийся архитектор М. В. Красовский.
В 1920 году, во время гражданской войны, в результате попадания снаряда была разбита первая глава снизу, расположенная над притвором, в нескольких местах повреждена кровля и выбиты стекла.
С приходом советской власти кижские строения получили Охранное свидетельство от 11 августа 1920 года, в котором говорится, что они «... как выдающиеся памятники, находящиеся под охраной Правительства, состоят в ведении Отдела по делам музеев и охране памятников искусства и старины Комиссариата народного просвещения, не могут видоизменяться и перестраиваться, а также быть занятыми какими-либо учреждениями или лицами без разрешения Отдела, а находящиеся в этих церквях иконы и церковное убранство не могут быть без ведома разрешения Отдела перемещены и не подлежат реквизиции».
В 1937 году Преображенский храм был закрыт. Народному Комиссариату просвещения КАССР было предложено принять церковь от Кижского религиозного объединения в ведение Комиссии по охране памятников старины, оставив для отправления религиозных обрядов верующих вторую церковь Кижского погоста – Покровскую.
В 1939 году кижские строения были включены в перечень памятников революции, культуры и архитектуры по КАССР, рекомендованных в состав Списка памятников общесоюзного значения. Но в связи с началом Великой Отечественной войны это произошло только в 1948 году. Во время войны Заонежье и остров Кижи были оккупированы финскими войсками. В октябре 1942 года на территорию Заонежья прибыли учёные: архитекторы, искусствоведы, а также специалисты по древнерусской живописи. Среди них был Ларс Петтерссон, магистр истории искусств, уделивший в своих исследованиях особое место церкви Преображения Господня. Им была составлена «Историческая реконструкция Преображенской церкви». Кроме обследования икон, в задачу Ларса Петтерссона входила также их транспортировка в Финляндию. В связи с капитуляцией Финляндии и выходом её из военных действий правительство Советского Союза потребовало возврата вывезенных из Карелии икон. Осенью 1944 года иконы были возвращены в Петрозаводск.
В послевоенные годы судьба кижских построек обрела новый статус: 2 октября 1945 года территория ансамбля стала государственным заповедником.
За 295 лет существования церкви ремонтные и реставрационные работы проводились неоднократно.Принципиальное значение для судьбы храма имели два этапа.
В 1949–1959 годах под руководством московского архитектора А. В. Ополовникова проходили крупные ремонтно-реставрационные работы, в результате которых ансамбль получил мировую известность. Тогда были сняты тесовая обшивка сруба и железная обивка глав церкви. Преображенская церковь вновь приобрела свой первоначальный облик.
В начале 1980-х годов был осуществлён проект реставрации с инженерным усилением, разработанный московским институтом «Спецпроектреставрация». В церковь был введён металлокаркас, поддерживающий сооружение до сих пор. В связи с аварийным состоянием Преображенская церковь была закрыта для посетителей. Внутри памятника были демонтированы полы, потолки, снят иконостас.
В 1999 году в музее началась крупномасштабная подготовка к комплексной реставрации Преображенской церкви. В отличие от ряда российских архитекторов и реставраторов, настаивающих на раскатке памятника, специалисты музея-заповедника «Кижи» пошли совсем другим путем. Преображенскую церковь будут реставрировать методом лифтинга, то есть подъёма и вывешивания поясов памятника для последовательной переборки. Этот давно опробованный в мире метод избавляет архитектурные шедевры от полной разборки, памятник остаётся в своем первозданном виде и реставрируется по частям. При этом и туристы, и специалисты могут видеть всё происходящее своими глазами. Наконец, при форс-мажорных обстоятельствах реставрацию можно на время приостановить, не нарушая целостности памятника.
Принятию этого проекта реставрации на федеральном уровне предшествовала напряженная работа по созданию уникального проекта спасения памятника ЮНЕСКО. В 2000 году была утверждена концепция, а в следующем – выполнен эскизный проект реставрации. После его рассмотрения на научно-методическом совете Министерства культуры России, была утверждена его архитектурная часть. Инженерные разделы проекта дополнительно прошли государственную экспертизу в Госстрое Российской Федерации. Руководят работами по реставрации памятника главный архитектор проекта Владимир Рахманов (Санкт-Петербург) и заслуженный работник культуры Российской Федерации Николай Попов, заместитель директора музея «Кижи» по реставрации Кижского архитектурного ансамбля.
Седьмого ноября 2008 года распоряжением председателя Правительства Российской Федерации В. В. Путина был утверждён План мероприятий по сохранению ансамбля Кижского погоста и развитию инфраструктуры музея-заповедника «Кижи». Вся сумма выделяемых до 2014 года средств из федерального бюджета – около 3 миллиардов рублей из федерального бюджета. Из них непосредственно музей «Кижи» получает на реставрацию и развитие инфраструктуры 808,6 миллионов рублей. На сохранение ансамбля Кижского погоста, на весь период до 2014 года предусмотрено 334 мллиона рублей. Все средства в музей поступают своевременно.
Приказом Министра культуры Российской Федерации А. А. Авдеева от 26 декабря 2008 года функции государственного заказчика-застройщика возложены на музей-заповедник «Кижи». В 2009 году музей получил от Росохранкультуры разрешение на проведение работ по первому этапу комплексной реставрации, в соответствии с которым были проведены все работы сезона 2009 года
В сезоне 2009 года начался первый этап крупномасштабной реставрации. Преображенская церковь – это сложнейшее по своей конструкции сооружение, которое открывает перед реставраторами новые, неизвестные ранее особенности состояния как древесины, так и всей конструкции. Но до этого был проделан огромный объём подготовительных работ. Так в 2004 году был осуществлён пробный подъем верхней части памятника на 20 сантиметров, после чего началось поэтапное монтирование системы лифтинга на всем памятнике, которое завершилось к концу летнего сезона 2009 года.
Для круглогодичной работы реставраторов и сотрудников Плотницкого центра музея в 2007 году на острове в 2007 году введён в эксплуатацию уникальный, единственный в России производственно-реставрационный комплекс, оснащённый современным оборудованием. Теперь при необходимости можно будет вести работы с деталями памятника больших размеров не только на месте, но и внутри комплекса. Вокруг памятника построена приобъектная площадка с временным складом для бревен сруба церкви. Для реставраторов – а их потребуется не менее 40 человек – на острове подготовлено жильё в специально отреставрированном доме-памятнике.
В 2007 году была произведена разборка и транспортировка в реставрационный комплекс исторических полов трапезной XVIII века, где уже начато их восстановление. В том же году было демонтировано крыльцо церкви.
Самым важным событием реставрационного сезона 2008 года стало начало сложной и уникальной работы по укреплению фундамента церкви, высота которой 37 метров и вес 600 тонн. Под диагональными стенами нижнего восьмерика вырыто 10 поперечных траншей. В них установлена опалубка и залиты бутобетонные фундаменты, на которых закреплены металлические стойки лифтинга.
В сезоне 2009 года музеем была проведена масштабная работа по разборке трапезной церкви, без чего была бы невозможна реставрация самого сруба церкви.
Вся деятельность музея по сохранению памятника всемирного наследия находится под пристальным вниманием ЮНЕСКО. Первая миссия представителей ЮНЕСКО на остров Кижи состоялась в 2002 году. Тогда музей вел подготовительные работы и получил от миссии рекомендации по участию государства-участника в спасении памятника.
В 2007 году на острове побывала вторая миссия ЮНЕСКО. Познакомившись с объёмом работ, проведённых музеем, и оценив его роль в реставрации, миссия сделала заключение, что вопрос о включении объекта в Список Всемирного наследия, находящегося под угрозой, не имеет места. Но настоятельно рекомендовала государству-участнику разработать комплексный план управления архитектурным ансамблем Кижского погоста, включая стратегию туризма с акцентом на все возможные угрозы для объекта.
В решении 33-й Сессии Комитета Всемирного наследия, которая состоялась 22-30 июня 2009 года в Севилье, об архитектурном ансамбле Кижского погоста было сказано: «Высоко оценивая продолжающиеся усилия со стороны музея-заповедника «Кижи» по улучшению обслуживания, контроля и популяризации объекта Всемирного наследия, настоятельно призываем государство-участник создать специальную правительственную группу по координации выполнения всех решений Комитета Всемирного наследия, касающихся этого объекта».
Фото из электронного фотоархива музея-заповедника «Кижи»