По смерти святителя Максима святой Пётр совершил поездку в Царьград, где был посвящён в митрополиты. В 1308 году он прибыл в Киев, а на следующий год во Владимир, где в то время и находилась кафедра митрополита всея Руси.
Велики заслуги святителя Петра на дипломатическом поприще как государственного деятеля. После кончины хана Тохты, в 1312 году, святитель Пётр и великий князь Михаил Тверской отправились в Орду для подтверждения ханом Узбеком, принявшим ислам, льготных грамот – ярлыков, освобождавших русское духовенство от дани монголам. Встретили митрополита с честью и отпустили с новым ярлыком. «Никто да не обидит на Руси церковь соборную Петра митрополита, архимандритов, игуменов, попов. Земли их свободны от всякия дани и пошлины, ибо всё то есть Божие, и люди сии молитвою своею блюдут нас. Да будут они подсудны одному Петру митрополиту, согласно с древними их законами. Да пребывает митрополит в тихом и кротком житии, да правым сердцем и без печали молит за нас и за детей наших. Кто возьмёт что-нибудь у духовных, заплатит втрое. Кто дерзнёт порицать веру русскую, кто обидит церковь, монастырь, часовню, да умрёт», – говорилось в грамоте.
Были подтверждены все прежние льготы духовенства и включена новая: все церковные люди по всем делам, не исключая и уголовных, были подчинены суду митрополита. По мнению ряда специалистов, таких привилегий, каких добился Пётр, русское духовенство в дальнейшем уже никогда не получало.
К великой печали старца, невзирая на его усилия в продвижении православных устоев церкви, её нравственности, распри за великое княжение между князьями Тверским и Московским продолжали ослаблять Россию. Его родина, Волынь, и колыбель православия древней Руси, Киев, были разорены и в 1321 году подчинены Литвой. На этом политическом фоне святитель Пётр принял важнейшее для истории России решение о переносе митрополичьей кафедры далее на восток, вглубь России.
С 1325 года святитель уже практически постоянно жил в Москве – митрополиту предоставили подворье в Кремле. Но привыкший к тишине и уединённой молитве митрополит тяготился шумной Москвой и построил невдалеке на берегу реки Неглинная храм, ставший впоследствии центром монастыря. Поскольку небесным покровителем митрополита Петра был святой апостол Пётр, храм был освящён во имя святыхапостолов Петра и Павла. А монастырь получил название Петропавловского.
Митрополит Пётр умер 21 декабря (по старому стилю) 1326 года и был похоронен в алтаре Успенского собора. Его святые мощи пребывают там и ныне. Спустя всего несколько месяцев митрополит Пётр был причислен к лику святых, что явилось беспрецедентным событием в истории Русской Православной Церкви. Таким образом, он стал первым московским святым и первым митрополитом Московским и всея Руси.
После Никольского пожара в 1493 году монастырь долго не мог восстановить своё хозяйство. Однако в 1505 году великий князь Московский Василий Иванович распорядился монастырь перестроить, и в честь митрополита Петра он стал называться Петровским на Высоком или Высоко-Петровским.
Выдающуюся роль сыграл монастырь в XVII столетии, во времена польской интервенции, став в 1612 году оплотом борьбы с захватчиками. После поражения польско-литовских интервентов вокруг монастыря возвели каменные стены. В 1632 году севернее собора святителя Петра возвели небольшую деревянную церковь Покрова Пресвятой Богородицы. К средине XVII века монастырь занимал лишь северную часть нынешней территории.
Перестройка и расцвет Высоко-Петровского монастыря связаны с именем Петра I. Будущий реформатор России был крещён 29 июня 1672 года, в день памяти святых апостолов Петра и Павла, чем и объясняется его особое отношение к монастырю.
В то время к Высоко-Петровскому монастырю вплотную примыкала усадьба Нарышкиных. Они чтили память святителя Петра и молились в храмах обители. На многие годы монастырь стал любимым местом отдыха и первым опытом преобразований юного Петра. По его указам и под его непосредственным наблюдением велось благоукрашение и переустройство храмов: были разобраны деревянные и воздвигнуты новые каменные. В 1684 году Пётр I привёз в Москву подаренный ему список с Боголюбской чудотворной иконы Божией Матери и повелел на месте храма Покрова построить пятиглавый храм во имя подаренной ему иконы.
Как символ победы над Софьей во время бунта стрельцов в 1689 году Пётр распорядился несколько перестроить собор святителя Петра для соответствия внешниму стилю храма в честь Боголюбской иконы Божией Матери. Восьмого мая 1690 года собор был освящён, и в нём состоялось торжественное богослужение в присутствии царей Петра и Ивана, а также царского двора. В том же году в честь спасения Нарышкиных, а также в память убиенных стрельцами своих дядей, братьевьцарицы Натальи Кирилловны, Пётр I приказал построить колокольню и кельи для монахов. Была заложена и церковь святого Сергия Радонежского.
В народе Высоко-Петровский монастырь величали государевой молельней. Сам царь Пётр любил петь на клиросе монастырских храмов.
В середине XIX века Высоко-Петровский монастырь стал центром духовного просвещения не только московской, но и всей русской общественности. В бывшем храме во имя преподобного Пахомия Великого разместилась библиотека Общества любителей духовного просвещения, созданного по благословению и при непосредственном участии митрополита Филарета. В фонде библиотеки находилось около четырёхсот древних изданий. Позже она стала основой синодальной, а затем епархиальной библиотеки, также размещённой в монастыре. С конца XIX века здесь начали свою деятельность духовно-цензурный комитет и церковно-приходская школа. В одном из храмов художник М. В. Нестеров написал портрет архиепископа Антония (Храповицкого).
Трагические, но славные духовными подвигами времена настали для обители после октябрьских событий 1917 года. Именно в кельях Высоко-Петровского монастыря, под председательством Святейшего Патриарха Тихона, состоялось последнее заседание Совещания епископата по обсуждению и утверждению документов последних общих заседаний Священного Поместного Собора Православной Российской Церкви.
Под руководством тогдашнего настоятеля монастыря архиепископа Варфоломея (Ремова, расстрелян в 1935 году) были нелегально продолжены занятия Московской духовной академии. До 1926 года в монастыре работали богословско-пастырские курсы. В стенах Высоко-Петровского монастыря в 1923 году нашли убежище и продолжили своё служение монахи Зосимовой пустыни, изгнанные из родной обители. Среди них был архимандрит Агафон, в схиме – схиархимандрит Игнатий (Лебедев, расстрелян в 1938 году). Отец Агафон и владыка Варфоломей созидали на новом месте духовное братство.
Братия Высоко-Петровского монастыря пополнялась новыми иноками и инокинями – юношами и девушками, постригаемыми уже тайно. Они оставались на своей мирской – советской – работе или учёбе, что входило в их монашеское послушание, и одновременно, под руководством старцев Зосимовой пустыни, постигали основы духовной жизни. Так, по выражению монахини Игнатии Петровской, прихожанки монастыря, принявшей в конце 1920-х годов постриг и ставшей в дальнейшем известным учёным-медиком, обитель стала пустыней в столице.
В те годы монастырь посещали как простой люд, так и интеллигенция, особенно из «бывших». Много появилось людей из монахов как в остатках монашеского облачения, так и в мирской одежде. При поддержке владыки Варфоломея и зосимовских старцев среди прихожан Высоко-Петровского монастыря, особенно девушек, возникло движение монашества в миру.
Где бы ни находились зосимовские старцы, жизнь подпольного монастыря строилась исключительно по Уставу Зосимовой пустыни. Тайные монахи постоянно были рядом с обычными прихожанами, и те имели возможность приобщиться к чистому источнику православия.
Смысл этого подвига веры состоял в том, чтобы не прервалась нить аскетической традиции русского православного монашества, даже несмотря на отсутствие монастырских стен. Оставаясь в миру – на работе или дома, – они сохраняли ценности и традиции русского православного монашества. Постоянным прихожанином монастыря был Павел Голубцов, тогда ещё молодой человек, впоследствии архиепископ Сергий Новгородский. Считается, что и будущий Патриарх Пимен в ранние годы своего монашеского подвига посещал службы Высоко-Петровского монастыря.
В 1924 году трапезный храм был закрыт, и братию Высоко-Петровского монастыря приютило Антиохийское подворье. Поначалу архиепископу Вафоломею удалось отстоять Боголюбский собор, чтобы вернуть братию в стены монастыря. Однако летом 1929 года Высоко-Петровский мо-
настырь, а с ним и храм в честь Боголюбской иконы Божией Матери были закрыты окончательно, и братство монастыря обрело приют неподалёку, на Большой Дмитровке, в храме во имя преподобного Сергия Радонежского.
После закрытия и этого храма остатки братии Высоко-Петровского монастыря перешли в церковь Рождества Пресвятыя Богородицы в Путинках, которая существует и поныне. В 1935 году владыка Варфоломей, старец Игнатий и большинство братии были арестованы. Вскоре после этого архиепископа Варфоломея расстреляли, отец Игнатий умер в заключении. Остальные также были подвергнуты репрессиям или расстреляны. В 2000 году многие высокопетровцы были прославлены Русской Православной Церковью как новомученики и исповедники российские.
С начала 1990-х годов Церкви стали постепенно возвращать строения монастыря, начались реставрационные работы. Возрождаются традиции православного просвещения. В корпусах Высоко-Петровского монастыря разместились синодальный Отдел религиозного образования и катехизации Русской Православной Церкви, а также аудитории Российского Православного института во имя святого апостола Иоанна Богослова. Работают издательство «Просветитель», православный паломнический центр «Фавор». Восстанавливается монастырская библиотека.
С 2007 года проводятся Свято-Петровские чтения, на которых студенчество и именитые учёные обсуждают различные аспекты деятельности святителя Петра, митрополита Московского и всея Руси, а также животрепещущие проблемы современности. Чтения проходят в старинных Нарышкинских палатах. По замыслу организаторов их особенностью должно стать изучение духовной и общественно-политической жизни России, её культуры и значения в мировой истории. В работе форума принимают участие молодые учёные – представители Исследовательского фонда «Межвузовская ассоциация молодых историков-филологов», Московского института международных отношений, Российского Православного института во имя святого Иоанна Богослова, других высших учебных заведений, научно-исследовательских институтов и общественных организаций.
Многое видели древние стены монастыря: и подвижнические труды первого московского митрополита, и становление Москвы как столицы русского государства, и подвиги святых новомучеников и исповедников российских. Главное же – то, что обитель и сегодня продолжает своё духовное служение.