Однако в результате смены общественно-политической формации в самой России и других потрясений, на которые XX век был особенно богат, российское присутствие на Святой Земле значительно ослабло. Многое из того, что так тщательно пестовалось, было утеряно.
С преобразованием российского общества пришло осознание необходимости восстановления Русской Палестины в её исконно духовном понимании. Первым шагом в этом направлении стало оказание российскими дипломатическими миссиями в Израиле и при Палестинской национальной администрации (ПНА) содействия деятельности РДМ как на израильских, так и на палестинских территориях. В настоящее время в ведении РДМ находятся несколько храмов и монастырей: Троицкий собор и домовая церковь в честь святой мученицы царицы Александры в самом здании РДМ, Горненский женский монастырь в Айн-Кареме на юго-западной окраине Иерусалима, монастырь с храмом в честь святого апостола Петра в Яффе, женский монастырь Святой Марии Магдалины в Тивериаде, храм Святого Пророка Илии на горе Кармил в Хайфе, монастырь Святой Троицы в Хевроне и подворье Святого Иоанна Предтечи в Иерихоне.
Сложнее обстояли дела с восстановлением права собственности на недвижимость, ранее принадлежавшую российской стороне. В 1922 году, после четырёх веков правления Османской империи, историческая Палестина перешла под британский мандат, длившийся до 1948 года. В том же году на политической карте появилось государство Израиль. Регион пережил ряд драматических событий, вызванных арабо-израильской конфронтацией. В 1994 году была образована ПНА. В итоге одна часть российской собственности оказалась на израильских территориях, другая — на землях, подконтрольных ПНА.
Министерство иностранных дел Российской Федерации в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации и в тесной координации с Русской Православной Церковью и ИППО уже на протяжении нескольких лет ведёт планомерную работу с властями Израиля и ПНА по восстановлению исторических прав России на Святой Земле. Для решения этой задачи с израильской стороной была создана совместная комиссия.
Усилия были сконцентрированы на решении вопросов, связанных с Сергиевским подворьем — комплексом исторических зданий в центре Иерусалима. Этот ансамбль, расположенный рядом со старым городом, считается не только архитектурной жемчужиной Русской Палестины, но и украшением всего Иерусалима. Участок, на котором построен комплекс подворья, площадью 4252 квадратных метра, был приобретён ИППО 14 мая 1886 года. Торжественная закладка первого камня состоялась 29 октября 1886 года. Здание использовалось для приёма паломников, в нём размещалась контора управляющего всеми учреждениями Общества в Палестине. ИППО как частное общество по турецким законам не имело прав юридического лица и, соответственно, права земельной собственности. Поэтому в мае 1899 года подворье по просьбе Совета ИППО было оформлено на имя тогдашнего председателя Общества великого князя Сергия Александровича.
В ходе визита Президента Российской Федерации в Израиль в апреле 2005 года с израильским руководством была достигнута договорённость о решении вопросов передачи в собственность Российской Федерации этого подворья и освобождения его от израильских арендаторов. Через три года кропотливой работы, 28 декабря 2008 года, израильские власти официально уведомили Посольство России в Тель-Авиве о перерегистрации Сергиевского подворья в собственность Российской Федерации. Распоряжением Правительства Российской Федерации собственником данного объекта было определено Управление делами Президента Российской Федерации. В Израиле зарегистрировано представительство ФГУП «Госзагрансобственность», которое и будет осуществлять комплексное управление подворьем, в том числе и ремонтно-реставрационными работами. Однако приступить к реставрации можно будет только после отселения израильских арендаторов. Двадцать второго марта 2011 года в здании МИД Израиля заместитель генерального директора министерства П. Авиви официально передал послу России П. В. Стегнию ключи от части помещений подворья и соответствующую ноту. Сейчас решается вопрос с последним израильским арендатором.
Продолжаются переговоры с израильской стороной и о судьбе здания самой Русской Духовной Миссии в Иерусалиме, часть которого занимает Иерусалимский мировой суд.
Одновременно ведётся работа по возвращению и освоению объектов российской собственности на территориях, подконтрольных ПНА. Здесь расположено около двух десятков российских земельных участков площадью от 0,01 до свыше 7 гектаров, расположенных в Хевроне, Вифлееме и его окрестностях, Рамалле, Дженине, Иерихоне.
Территория с деревом Закхея (Библейской смоковницей) в центральной части города Иерихона была приобретена в 1883 году иеромонахом Иоасафом (Плехановым) и позднее подарена ИППО. В 1995 году указом главы ПНА Я. Арафата участок был передан в собственность и фактическое пользование Правительства Российской Федерации. В 2008 году по инициативе и при непосредственном участии Представительства России при ПНА он был перерегистрирован на Правительство Российской Федерации, причём чётко зафиксировано расположение Библейской смоковницы. Подборка соответствующих документов в июне 2008 года была передана мэром Иерихона руководству ИППО. В конце 2009 года было принято решение о том, что балансодержателем участка является Управление делами Президента Российской Федерации. С января 2010 года здесь начали работы по сооружению музейно-паркового комплекса. Восемнадцатого января сего года Президент Российской Федерации Д. А. Медведев провёл на палестинских территориях в городе Иерихоне переговоры с главой ПНА М. Аббасом и принял участие в церемонии торжественного открытия комплекса. Событие было приурочено к празднованию десятитысячелетнего юбилея города.
Другой участок РПЦ, площадью около 1,5 гектара, был приобрётен в 1873 году начальником РДМ архимандритом Антонином (Капустиным). На этой территории позднее была построена церковь — как считается, на месте дома мытаря Закхея, — в которой сохранился фрагмент византийской мозаики. В 2000 году власти ПНА передали участок РПЦ, а в 2008-м он должным образом перерегистрирован на РДМ.
Решением главы ПНА от 12 мая 2008 года земельный надел в южной части города Вифлеема площадью 0,4 гектара был официально передан ИППО в качестве дара. Здесь планируется построить культурно-деловой центр.
Участок РДМ, расположенный в исторической части города Вифлеема, был приобретён российскими паломниками в 1890 году. На его территории расположена принадлежащая РПЦ гостиница «Паломническая резиденция».
Территория в Хевроне с Мамврийским дубом и монастырём площадью 7,38 гектара куплена начальником Миссии архимандритом Антонином (Капустиным) с помощью драгомана РДМ Я. Халеби в 1868 году. Участок с развалинами византийского храма площадью 2,29 гектара был по частям приобретён начальником РДМ в 1880 году. В 1997 году оба участка были переданы центральными палестинскими властями РПЦ.
В 2008 году Представительством России при ПНА в контакте с РДМ была начата работа по перерегистрации прав собственности РПЦ на оба этих объекта недвижимости. В ответ на личную просьбу Патриарха Московского и всея Руси Кирилла М. Аббас дал дополнительные указания профильным палестинским ведомствам ускорить работу. Девятнадцатого мая 2010 года М. Аббас официально вручил представителю России при ПНА свидетельство о регистрации прав собственности РДМ на один из участков. Вопрос с более крупным участком, на котором находится Мамврийский дуб, в настоящий момент рассматривается компетентными судебными органами Хеврона.
Министерством иностранных дел России совместно с Управлением делами Президента Российской Федерации, РПЦ и ИППО проведена большая работа по восстановлению исторических прав России на Святой Земле и освоению российской собственности в Израиле и Палестине. Вместе с тем очевидно, что очень многое ещё предстоит сделать, чтобы в полной мере реализовать огромный духовный и нравственный потенциал российского присутствия на Святой Земле.
