Ленинградский митрополит Алексий (Симанский) призывал верующих «жизнь свою положить за целость, за честь, за счастье любимой Родины… Как во времена Димитрия Донского и святого Александра Невского, как в эпоху борьбы с Наполеоном, не только патриотизму русских людей обязана была победа русского народа, но и его глубокой вере в помощь Божию правому делу… Мы будем непоколебимы в нашей вере в конечную победу над ложью и злом, в окончательную победу над врагом».
С патриотическими посланиями к пастве обращался митрополит Николай (Ярушевич), который часто выезжал на передовую, совершая богослужения в местных церквях, произнося проповеди, которыми утешал исстрадавшийся народ, вселяя надежду на всемогущую помощь Божию, призывая паству к верности Отечеству. В первую годовщину начала Великой Отечественной войны, 22 июня 1942 года, митрополит Николай обратился с посланием к пастве, жившей на территории, оккупированной немцами: «Исполнился год, как фашистский зверь заливает кровью нашу родную землю. Этот ворог подвергает осквернению наши святые храмы Божии. И кровь убиенных, и разорённые святыни, и разрушенные храмы Божии – всё вопиет к небу об отмщении!.. Святая Церковь радуется, что среди вас на святое дело спасения Родины от врага восстают народные герои – славные партизаны, для которых нет выше счастья, как бороться за Родину и, если нужно, умереть за неё».
В далёкой Америке бывший глава военного духовенства белой армии митрополит Вениамин (Федченков) призывал Божие благословение на воинов армии советской, на весь народ, любовь к которому не прошла и не уменьшилась за годы вынужденной разлуки.
Война подвергла переоценке все стороны жизни советского государства, вернула людей к реальностям жизни и смерти. Переоценка происходила не только среди рядовых граждан, но и на уровне правительства. Анализ международного положения и религиозной ситуации на оккупированной территории убедил Сталина, что необходимо поддержать возглавлявшуюся митрополитом Сергием Русскую православную церковь. Четвёртого сентября 1943 года митрополиты Сергий, Алексий и Николай были приглашены в Кремль для встречи с И. В. Сталиным. В результате этой встречи было получено разрешение на созыв архиерейского собора и избрание на нём патриарха. На архиерейском соборе 8 сентября 1943 года Святейшим Патриархом был избран митрополит Сергий (Страгородский). Седьмого октября 1943 года был образован Совет по делам РПЦ при Совнаркоме СССР, что косвенным образом свидетельствовало о признании правительством Русской православной церкви и желании урегулировать с ней отношения. Был закрыт журнал «Безбожник», свёрнута антирелигиозная пропаганда. Епископатом было возобновлено рукоположение.
Патриарх Сергий сразу же представил Сталину список репрессированного духовенства с просьбой об освобождении. Так был освобождён из ссылки владыка Лука (Войно-Ясенецкий) Крымский.
Сотни священнослужителей, освободившихся к 1941 году из лагерей, тюрем, ссылок, были призваны в ряды действующей армии. Иеромонах Пимен (Извеков) – будущий Патриарх Московский и всея Руси, – возвращённый из ссылки в Средней Азии, начал свой боевой путь заместителем командира роты и завершил его в звании майора.
Наместник Псково-Печерского монастыря в 1950–1960 годах архимандрит Алипий (Воронов) воевал все четыре года, оборонял Москву, был несколько раз ранен и награждён орденами. Будущий митрополит Калининский и Кашинский Алексий (Коноплёв) на фронте был пулемётчиком. Когда в 1943 году он вернулся к служению Господу, на груди его блестела медаль «За боевые заслуги». Протоиерей Борис Васильев, до войны – диакон Костромского кафедрального собора, в Сталинграде командовал разведвзводом, а затем сражался в должности заместителя начальника полковой разведки. Легендарный герой битвы за Сталинград сержант Яков Павлов до войны был монахом. В докладе председателя Совета по делам РПЦ Г. Карпова секретарю ЦК ВКП(б) А. А. Кузнецову о состоянии Русской церкви от 27 августа 1946 года указывалось, что многие представители духовенства награждены орденами и медалями Великой Отечественной войны.
На оккупированной территории священнослужители являлись подчас единственным связующим звеном между местным населением и партизанами. Они укрывали красноармейцев, сами вступали в партизанские отряды. Священник Василий Копычко, настоятель Одрижинской Успенской церкви Ивановского района на Пинщине, в первый же месяц войны через подпольную группу партизанского отряда получил из Москвы и зачитал своим прихожанам послание Патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия, несмотря на опасность быть за это расстрелянным. С начала войны и до её победного завершения отец Василий духовно укреплял своих прихожан, совершая богослужения ночью, без освещения – чтобы не быть замеченным. На службу приходили почти все жители окрестных деревень.
Отважный пастырь знакомил прихожан со сводками Информбюро, рассказывал о положении на фронтах, призывал противостоять захватчикам, читал послания Церкви к тем, кто оказался в оккупации. Отец Василий собирал продукты для раненых партизан, присылал оружие. Дом священника был партизанской явкой. В начале 1943 года за связь с партизанами фашисты сожгли церковь и дом настоятеля. Чудом удалось спасти его семью и переправить самого отца Василия в партизанский отряд. За свою патриотическую деятельность священнослужитель был награждён медалями «Партизану Великой Отечественной войны», «За победу над Германией», «За доблестный труд в Великой Отечественной войне».
Тысячи священнослужителей России горячо молились, вознося специальные молитвы о победе, избавлении пленных. Служился особый молебен «в нашествие супостатов, певаемый в Отечественную войну».
В течение 900 дней и ночей блокады Ленинграда митрополит Ленинградский, будущий патриарх Алексий I, утром и вечером совершал богослужения. В будние дни, часто без диакона, сам причащал и читал поминания. Ежедневно после молебна обходил Николо-Богоявленский собор с иконой Святителя Николая, моля его сохранить храм и город от вражеского разрушения.
Патриарший экзарх в Америке митрополит Вениамин, председатель русско-американского комитета «Помощи России», неоднократно обращался ко всем русским людям в Америке и призывал молиться о победе русского воинства и оказать помощь России.
Русская православная церковь собрала в фонд обороны к концу 1944 года около 300 миллионов рублей. Дополнительно к посылаемым на фронт обмундированию, тёплым вещам, валенкам, продовольствию, медикаментам, полотенцам, простыням, подаркам для больных и раненых бойцов Русская церковь профинансировала производство самолётной эскадрильи «Александр Невский» и танковой колонны «Дмитрий Донской».
Собирались средства и на оккупированной территории. Пример тому – гражданский подвиг священника Феодора Пузанова из села Бродовичи-Заполье. На оккупированной Псковщине для строительства колонны он сумел собрать среди верующих целую котомку золотых монет, серебра, церковной утвари и денег. Эти пожертвования на общую сумму около 500 000 рублей были переданы партизанами на «большую землю». С каждым годом войны сумма церковных взносов заметно росла.
Монашествующие полностью содержали и обслуживали военные госпитали, размещённые в сохранившихся от разрушений и бомбёжек монастырях, выхаживали раненых красноармейцев. Архиепископ Лука (Войно-Ясенецкий), доктор медицины, профессор, главный хирург красноярского эвакогоспиталя, переживший четыре ареста, 20 лет тюрем и ссылок, своими руками спас от неминуемой смерти сотни раненых бойцов. В 1946 году за «Очерки гнойной хирургии» и другие научные труды его наградили Сталинской премией I степени, большую часть которой он передал детям-сиротам.
Одиннадцатого октября 1943 года, впервые за годы советской власти, 12 ленинградским священнослужителям были вручены медали «За оборону Ленинграда». Более 50 священнослужителей были удостоены медали «За доблестный труд в Великой Отечественной войне».
В годы войны обратилось к Богу множество простых людей, военнослужащих, тех, кто в годы гонений отошёл от Бога. Один из связистов, принимавших по радио боевые донесения русских военных лётчиков, говорил: «Когда лётчики в подбитых самолётах видели для себя неминуемую гибель, их последними словами часто были: "Господи, прими мою душу"». Неоднократно свои религиозные чувства публично проявлял командующий Ленинградским фронтом маршал Л. А. Говоров; после Сталинградской битвы стал посещать православные храмы маршал В. Н. Чуйков.
Говоря об основах великой Победы, Патриарх Московский и всея Руси Кирилл подчёркивает: «Духовный исток Победы… в той традиции православия, которая сформировала и воспитала русского человека – не только этнического русского, но и любого патриота, укоренённого в национальной духовной культуре. Тысячелетняя система духовных ценностей составляла сердцевину сознания русского человека… Более чем двадцатилетие безбожия и атеизма… не сумело сломить эту духовную закалку народа. Величайшую народную победу в ХХ веке можно объяснить только силой и торжеством духа русского народа».
