К концу XVII века род князей Пожарских по мужской линии иссяк. Усыпальница оказалась заброшенной — некому было заботиться о могилах предков. В 1765‒1766 годах по приказу архимандрита Ефрема усыпальницу «за ветхостью» сломали, а надгробные плиты сняли и употребили на церковные строения.
В 1850 году, будучи в Суздале, великие князья Николай и Михаил Николаевичи изъявили желание посетить могилу князя Пожарского. Они были неприятно поражены забвением места погребения полководца- освободителя. На монастырском дворе им показали место, где по преданиям прежде стояла усыпальница Пожарских. Теперь это место ничем не отличалось от остальной территории монастырского двора. Великие князья сделали пожертвования на сооружение памятника, на подножии которого предполагалось написать: «На месте, где по преданию стояла усыпальница князей Пожарских». Но никак не могли решить, куда установить этот памятник — никто не мог точно указать место захоронения.
Чтобы вновь обрести могилу Пожарского, летом 1851 года археолог граф А. С. Уваров по поручению министра внутренних дел проводит раскопки на территории Спасо-Евфимиевского монастыря к востоку от апсид Спасо-Преображенского собора. Там он обнаруживает «бутовые стены какой-то усыпальницы», в которой в три ряда стояли кирпичные склепы и каменные гробницы. На двух гробницах были надписи, из которых следовало, что они принадлежат Никите Андреевичу Хованскому и Фёдору Дмитриевичу Пожарскому.
В усыпальнице на почётном месте, прямо напротив алтаря, находились три гробницы: Фёдора Дмитриевича, первой супруги полководца и матери Фёдора Дмитриевича и, предположительно, самого Дмитрия Михайловича. Последняя отличалась от других. Только она находилась внутри кирпичного «чехла», а сверху над ней возвышался сильно повреждённый свод. Над верхней плитой была разостлана береста, что свидетельствует об особой заботе. С разрешения императора и Синода была создана специальная комиссия для дальнейшего исследования предполагаемой гробницы Дмитрия Михайловича Пожарского.
Двадцать третьего февраля 1852 года члены комиссии провели тщательный осмотр усыпальницы и гробницы. Исследования показали, что тело усопшего покрыто шёлковым узорчатым саваном. На груди сохранились куски шёлковой одежды с золотыми узорами. В средней части тела был заметен шёлковый вышитый пояс, на левом бедре — шитая золотом кайма кафтана и левый кафтанный разрез, шитый золотым шнурком. Комиссия решила, что данные находки являются остатками богатого боярского одеяния, которое не могло принадлежать никому другому, кроме полководца: «Нет никакого повода, тем менее права, сомневаться, чтобы гробница не заключала в себе праха князя Дмитрия Михайловича Пожарского».
Двадцать четвёртого февраля 1852 года отслужили торжественную панихиду. Этот день надолго запомнился жителям Суздаля. С раннего утра, услышав о необычном событии, в монастырь поспешили и стар и млад. Начался благовест. Епископ Владимирский и Суздальский Иустин обратился к присутствующим: «Граждане Суздаля! Для вас особенно должно быть радостно открытие места погребения приснопамятного князя Пожарского. Его имя принадлежит всей России, но гроб его составляет ваше исключительное достояние. Храните же его с благоговением».
Над могилой был поставлен скромный столбик с надписью: «Здесь лежит князь Дмитрий Михайлович Пожарский».
Вскоре по всей империи была объявлена добровольная подписка для сбора средств на сооружение надгробного памятника на могиле князя Пожарского. Только во Владимирской губернии к лету 1852 года собрали 409 рублей 80 копеек. Самыми активными были жители Суздаля — 241 рубль 50 копеек. В Шуе, Муроме и Александрове собрали по 23 рубля, в Юрьеве и Вязниках — по 20 рублей, во Владимире — 19 рублей 45 копеек, а в Судогде — всего 1 рубль. Всего за шесть лет была собрана значительная сумма — 75 тысяч рублей, — достаточная для возведения памятника.
Четырнадцатого ноября 1858 года император Александр II приказал: над прахом князя Пожарского в Суздальском Спасо-Евфимиевском монастыре возвести на фундаменте прежней палаты каменную усыпальницу в стиле старинной архитектуры. Внутри усыпальницы, на месте могилы, поставить простое каменное надгробие, покрытое пеленою с нашивным крестом. На восточной стороне поставить аналой для совершения панихид. На прочих стенах усыпальницы изложить краткое сказание о заслугах князя Пожарского. Открыть через Академию художеств конкурс для составления технического проекта этого памятника.
В конкурсе победил проект академика А. М. Горностаева (1808-1862). Он предложил построить великолепный мавзолей-часовню из белого каррарского мрамора, украшенный искусной резьбой, бронзовыми рельефами и мозаичной иконой Спасителя на фронтоне. Возведение мавзолея растянулось почти на четверть века.
Закладной камень — сейчас он хранится в музее — быт заложен настоятелем монастыря архимандритом Илларионом в июле 1863 года. В 1865 году, уже после смерти Горностаева, император Александр II внёс изменения в проект: «Вместо деревянного киота сделать таковой из мрамора, а икону Божией Матери вместо живописной сделать из мозаики». Из двух мозаик до наших дней сохранилась лишь икона Спасителя во Славе, которая сейчас экспонируется в музее в Спасо-Преображенском соборе. Образ Спасителя для исполнения мозаики написал в 1867 году академик А. Е. Бейдеман, мозаичные работы были выполнены художником М. Хмелевским, а мраморный киот для образа — скульптором Л. О. Ботта.
Мавзолей окружала красивая ажурная чугунная ограда. Внутри усыпальницы установили надгробный мраморный камень. Для возложения на него прислали из Академии художеств пелену из золотой парчи, а также привезли бронзовый позолоченный канделябр для неугасимой лампады. Пышностью убранства отличался восточный фасад с резным порталом и большой мозаичной иконой Спасителя на фронтоне.
Стена, как причудливым кружевом, быта покрыта изящной каменной резьбой. Тяжёлая бронзовая дверь быта украшена рельефами «Минин и Пожарский» и «Битва на Сретенке». По краю двери вязью были написаны слова, сказанные Дмитрием Михайловичем в ответ на призыв Минина: «Мужаемся и укрепимся о людех наших и о градех Бога нашего и Господь сотворит благое пред очима Своима». Бронзовая дверь быта сделана очень массивной и двигалась на специальном блоке по металлическому рельсу, чтобы предотвратить оседание пола под её тяжестью. На лицевой стороне по фронтону шла надпись: «Боярину князю Дмитрию Михайловичу Пожарскому — благодарное потомство».
Мавзолей быт торжественно открыт 2 июня 1885 года. Судя по сохранившимся фотографиям, получился действительно достойный памятник национальному герою. Внутри, над могилой Пожарского, располагалась мраморная плита с надписью: «Надгробие приснопамятному вождю князю Дм. Пожарскому, отвратившему конечную гибель Отечества от поляков в 1611 г. Поставлено в 1883 г.». На западной стене находилась мозаичная икона Казанской Божией Матери, перед которой в массивном бронзовом подсвечнике теплилась неугасимая лампада. Вплоть до революции 1917 года мемориал находился под наблюдением Российской академии художеств.
Летом 1923 года революционная власть превратила Спасо-Евфимиевский монастырь в лагерь для политических противников нового режима. Монастырские помещения освобождали от церковного имущества, а с монастырского кладбища убирали надгробные памятники. Уникальные многопудовые колокола XVI‒XVII веков с монастырской звонницы отправили на металлолом.
В 1933 году «благодарные потомки» добрались и до усыпальницы спасителя Отечества. Роскошный мавзолей разобрали. Место захоронения в очередной раз сравняли с землей. Белый итальянский мрамор решили отправить на постройку Дома Советов в Москве. По другим данным, его использовали для облицовки первых станций Московского метро или кабинетов О ГПУ на Лубянке. В любом случае, мраморное резное убранство мавзолея Пожарского было утрачено безвозвратно. Чудом уцелели рельефы с бронзовой двери и мозаичный образ Спасителя. Первому директору Суздальского музея В. И. Романовскому удалось добиться их передачи в музей. И снова могила Пожарского заросла травой забвения.
Героев народного ополчения 1612 года начинали вспоминать, когда независимости России грозила смертельная опасность. В лихую годину Великой Отечественной войны главнокомандующий И. В. Сталин назвал имя Пожарского среди других великих полководцев, чьи образы были призваны вдохновлять советских воинов на борьбу с фашизмом. И через 10 лет после Великой Победы, в 1955 году, в Суздале, у стен Спасо-Евфимиевского монастыря, Дмитрию Михайловичу быт установлен памятник работы скульптора З. И. Азгура.
В 1963 году на месте разрушенного мавзолея Пожарского усилиями ВладимироСуздальского музея-заповедника и Владимирской реставрационной мастерской возник скромный памятник по проекту архитектора О. Г. Гусевой. Наконец, в 1974 году, во время празднования 950-летия первого упоминания в летописи Суздаля, был торжественно открыт строгий белокаменный монумент работы скульптора Н. А. Щербакова и архитектора И. А. Гунста. В настоящее время он перенесён на территорию кадетского корпуса имени Д. М. Пожарского в город Радужный Владимирской области.
Шли годы. На рубеже третьего тысячелетия, в бурное, смутное перестроечное время образ Пожарского опять стал востребован и актуален. И снова, как и 400 лет назад, имена Кузьмы Минина и Дмитрия Пожарского стали символами народного единства. Теперь каждый год 4 ноября у могилы Пожарского проходят патриотические митинги разных политических партий и общественных организаций, возлагаются цветы.
Настало «время собирать камни» и исправлять ошибки предков. Почему бы не восстановить разрушенный в 1933 году мавзолей национального героя? Ведь уже есть опыт возрождения уничтоженных большевиками храма Христа Спасителя и Казанского собора на Красной площади, построенного на средства Д. М. Пожарского. В Российском государственном архиве и музее Российской академии художеств, к счастью, сохранились архитектурные обмерные чертежи и фотографии уничтоженного памятника. Чудом уцелели бронзовые скульптуры с двери, мозаичный образ Спасителя и небольшие куски резного мрамора. Эти обстоятельства позволили генеральному директору ВладимироСуздальского музея-заповедника А. И. Аксёновой выступить с инициативой воссоздания усыпальницы Д. М. Пожарского.
Идею возрождения мемориала поддержал полномочный представитель Президента Российской Федерации в Центральном федеральном округе Георгий Сергеевич Полтавченко и одобрил во время визита в Суздаль в ноябре 2007 года тогда вице-премьер, а ныне Президент РФ Д. А. Медведев. Был создан Попечительский совет по реализации данного проекта. Как и 150 лет назад, был объявлен сбор народных пожертвований. Благословил это начинание и первым сделал щедрый взнос Святейший Патриарх всея Руси Алексий II.
Летом 2008 года на месте родовой усыпальницы Пожарских и Хованских XVII века в Спасо-Евфимиевском монастыре экспедиция Института археологии РАН под руководством доктора исторических наук Л. А. Беляева провела раскопки, подтвердившие результаты исследований графа А. С. Уварова 1851 года. Как и тогда, были обнаружены кирпичные склепы и белокаменные гробницы, расположенные в три ряда. На саркофаге, отождествлённом Уваровым с погребением Дмитрия Михайловича Пожарского, до сих пор лежат два древних кирпича, которыми граф-археолог заботливо заложил трещину в надгробной крышке.
По завершении раскопок, как и в XIX веке, была отслужена панихида. Затем раскоп был аккуратно засыпан. Сейчас проводятся работы по благоустройству территории. Планируется обозначить границы усыпальницы Пожарских и Хованских, а над местом погребения Д. М. Пожарского возложить плиту и установить памятный крест.
Память Дмитрия Михайловича также увековечена в экспозициях Владимиро-Суздальского музея-заповедника, где посетители могут увидеть вещи национального героя и богатые вклады рода Пожарских в Спасо-Евфимиевский монастырь. Среди них — фелонь, сшитая из шубы Пожарского, малинового венецианского бархата; большое вкладное Евангелие с автографом Дмитрия Михайловича; расшитая золочёными дробницами, самоцветами и жемчугом архиерейская шапка — вклад вдовы полководца в Спасо-Евфимиевский монастырь; икона «Богоматерь Казанская» в драгоценном окладе. Ежегодно тысячи туристов, посещая Суздаль, отдают дань подвигу князя Пожарского.